В Риме о позиции Михаила и других православных узнали из реляции Петра Аркудия генералу иезуитов от 10 ноября 1596 г. В реляции высказывались предложения удалить православных владык с кафедр, ликвидировать Львовскую православную епархию, снять с Михаила епископский сан из-за наличия у него семьи, Перемышльскую кафедру передать униатам. Отношение Папского престола к православной оппозиции во главе с Гедеоном (Балабаном), Михаилом и князем К.К. Острожским было жёстким. В Риме не придавали особого значения антиуниатским настроениям православных, сообщения такого рода не были заметны на фоне победных реляций об униатском Брестском Соборе. Римскую курию больше всего беспокоила фигура князя К.К. Острожского. После Брестского Собора Михаил мужественно продолжал выполнять архипастырские обязанности, препятствовал распространению унии. Он рукополагал священников и диаконов, в том числе к храмам за пределами своей епархии, принимал от священнослужителей присягу на верность православию, организовывал съезды православных. О такой деятельности Михаила говорится в письме епископу короля Сигизмунда III от 22 марта 1599 г. Король угрожал Михаилу лишением кафедры, если тот не прекратит препятствовать распространению унии. Исследователи полагают, что Михаил освящал храмы. Исследователям известен антиминс, предоставленный Михаилом в 1603 г. Спасскому монастырю в селе Спас близ Старого Самбора. Это – один из старейших сохранившихся украинских антиминсов. Очевидно, епископ занимался благотворительностью: сохранилось свидетельство о ходатайстве Михаила за вдову. Отношения между католической и православной Перемышльскими кафедрами были напряжёнными. Перемышльский латинский епископ Вавжинец Гослицкий провозглашал, что его целью было обращение русинов от схизмы к истинной вере. 11 сентября 1593 г. он освятил костелы в бывших православных храмах в имениях Е. Ваповской (Издебки, Глудна, Бахож, Лубна, Вара и пригород Дынува). 7 декабря 1591 г. Михаил вместе с И. Семяшовским и Д. Добжанским подал протестацию против Е. Ваповской. Попытки закрытия православных церквей исследователи фиксируют и в других городах Перемышльской земли. От имени Михаила и его капитула 17 мая 1595 г. в перемышльский гродский суд протестацию против действий дрогобычского старосты подал дрогобычский наместник Михаила Павел Терлецкий, священник церкви святого Юра. Вавжинец Гослицкий истолковал решения униатского Брестского Собора в духе контрреформационных методов обращения православных в католичество. Католический епископ намеревался в православные храмы поставить наместников и священников, послушных католической церкви. Он способствовал утверждению викария Эразма Дубецкого в Саноке, поскольку там было, очевидно, немало сторонников унии.