В 1596 г. Михаил подчинился королевской воле и обменял епископское имение Малковичи на село Рудники в Мостисском старостве по требованию польского шляхтича Дуниковского. Судился также с перемышльскими и самборскими мещанами, с Самуилом Светопелком Болестрашицким и др. Сохранилось судебное дело между епископом и перемышльским магистратом об имении Вильче (1606–1613 гг.). В 1580–1590 гг. активизировалась деятельность православных братств. Ко времени хиротонии Михаила в Перемышльской епархии действовали братства при Крестовоздвиженской церкви в Дрогобыче (известно исследователям с 1556 г.), при церкви Святой Троицы в Судовой Вишне (известно исследователям с 1563 г.), при перемышльском кафедральном соборе (известно исследователям с 1571 г.) и при дрогобычских церквах святого Юра и великомученицы Параскевы (известны исследователям с 1589 г.). Михаил благословил создание по инициативе мирян ещё три братств: при церкви Благовещения Пресвятой Богородицы в Городке (уставная грамота братству от 30 августа 1591 г.), при церкви святых апостолов Петра и Павла в Комарно (грамота от 2 февраля 1592 г.) и при церкви великомученицы Параскевы и Воскресения Христова в Соли (ныне посёлок Старая Соль Львовской области – грамота от 26 мая 1600 г.). В период правления Михаила действовало братство в селе Белая (на территории Львовской области, ныне не существует). Отношения архиерея с братством в Городке сначала были конфликтными. В 1592 г. Михаил, приехав в Городок, отстранил от служения священника Павла и на его место поставил священника Иоанна, ранее изгнанного, очевидно, братчиками. Члены братства оказали сопротивление и закрыли братский храм. Михаил приказал сломать замки. В 1593 г. братство пожаловалось на епископского наместника священника Григория Попелёвского, который в своём храме проклял братство. В дело вмешался король, поддержав епископа. По мнению исследователей, этот эпизод стал причиной того, что в инструкции виленским послам на Брестский Собор 1594 г. (см. в ст. Брестские соборы) говорилось о необходимости наказывать противников братств, таких как Львовский и Перемышльский епископы. Объединение мирян в Комарно (недалеко от Львова) получило от Михаила устав по образцу Львовского братства. Нововведением в уставе стали положения о контроле братства над нравственностью священника, а также о праве на сопротивление епископу, если он действует «яко враг истины». Михаил пошёл ещё на одну значительную уступку союзу мирян, передав под его управление приход с церковной школой и госпиталем, при этом храм получил от архиерея имения Липья и Бучалы (упоминание о братской школе в Комарно исследователи считают одним из самых ранних свидетельств о школьных братствах, по крайней мере, для Перемышльской земли). Епископ надеялся, что ему удастся путём уступок избежать конфликтов с братством (такого рода столкновения сотрясали жизнь соседней Львовской епархии). В грамоте Михаила об основании братства в Соли от 26 мая 1600 г. говорится, что епископ действовал по совету с клиросом кафедральной церкви. В грамоте ничего не сказано о священнике и его отношениях с братством.