В письме Львовского братства Стефану Зизанию (см. в ст. Зизании (Куколи)) от 22 сентября 1596 г. сообщалось, что Михаил на Собор не едет, туда отправляется Гедеон (Балабан). Затем планы изменились, и Михаил приехал на православный Собор. Свидетельств о роли Михаила в заседаниях православного Собора немного. В первый день работы Собора, когда делегация православных вернулась ни с чем от униатов, Михаил от лица руководителей Собора спросил: «Просим их велебности, пусть нам истолкуют: что за ответ от той стороны приняли?» Отвечал член депутации Игнатий, пресвитер из Острога. Других выступлений Михаила источники не фиксируют. Михаил подписал «Apofasis» – основной декрет православного Собора об отступничестве униатов от Восточной церкви. Подпись Перемышльского епископа находится на пятом месте, после подписей экзарха Никифора, Кирилла I Лукариса, Белградского митрополита Луки и Гедеона (Балабана). Ещё одну версию документа содержит приложение «Што ся зась тычет...», в конце которого стоят подписи. Подпись Михаила находится здесь на втором месте, после подписи Гедеона (Балабана). Решения Собора от Перемышльской епархии кроме Михаила подписали Сергий, игумен смольницкий, Пётр, протопоп перемышльский, Андрей, наместник самборский (в делегацию от Перемышльской епархии также входили шляхтичи Михаил Литинский и Лукаш Боярский). 9 октября 1596 г. Собор принял протестацию против унии с другим порядком подписей. На этот раз подпись Михаила – на шестом месте, после подписей князя К.К. Острожского, супрасльского архимандрита Лаврентия, киево-печерского архимандрита Никифора Тура и Гедеона (Балабана; четвёртая позиция также отведена Михаилу как Пинскому владыке (?)). В этот же день была подписана инструкция православным депутатам, которые отправлялись к королю. Подпись Михаила здесь снова на втором месте, после подписи Гедеона (Балабана). Председатель православного Собора протосинкелл Никифор 11 октября 1596 г. предоставил Михаилу и Гедеону (Балабану) полномочия архиереев для всей православной части Киевской митрополии (Архивы Западной Руси, том 4). Униатский Собор отлучил православных от церкви. В главном документе Собора – акте о провозглашении Брестской унии, принятом 9 октября 1596 г., православные не упоминаются. В тот же день отдельными грамотами были отлучены Гедеон (Балабан) и архимандрит Никифор Тур. 10 октяря были низложены и отлучены от церкви Михаил и Гедеон (Балабан), последний – вторично. Перемышльскому епископу поставили в вину противление воле короля и митрополита, участие в собрании в «доме еретиков», совершение богослужения в чужой епископии и др. В межконфессиональной борьбе, начавшейся после Брестских Соборов, Михаил не часто упоминался католической и униатской сторонами, больше внимания уделялось Гедеону (Балабану). Об «отступничестве» от унии Львовского и Перемышльского епископов, «заседавших вместе с еретиками», король Сигизмунд III был информирован 19 октября 1596 г. в письме королевских делегатов, присутствовавших на Соборе. В королевском универсале от 15 декабря 1596 г., который утвердил решения униатского Собора, были повторены обвинения против Михаила и Гедеона (Балабана), содержавшиеся в документе униатского Брестского Собора, говорилось о контактах православных епископов с иностранцами-шпионами (греками), было подтверждено отлучение епископов от церкви.