Поскольку Копыстно расположено недалеко от Перемышля, исследователи предполагают, что Михаил посещал школу при Иоанно-Предтеченском соборе в Перемышле (школа впервые упоминается в 1477 г.), о которой Михаил заботился, став епископом. Исследователи не исключают, что будущий епископ мог учиться в соседнем городе Добромиле (ныне Львовской области, Украина), где находился Онуфриевский монастырь. Михаил Копыстенский был женат на Анне, имел детей. Косвенное свидетельство о его семье содержится в упоминавшемся письме патриарха Иеремии II Траноса. В послании от февраля 1592 г. Львовское братство писало Александрийскому патриарху Мелетию I Пигасу о Михаиле, что женатые епископы – одно из главных зол церкви, и теперь митрополит поставил епископом человека, «имеюща младу жену, чада». Точные сведения о семье архиерея содержатся в материалах двух судебных разбирательств Михаила Копыстенского с местными шляхтичами (Федько Терлецким (1590 г.), Михаилом Литинским (1 мая 1591 г.)). Михаил занял Перемышльскую кафедру, не изменив своего семейного положения и не приняв пострига. Этот факт обсуждался в полемической литературе как обоснование необходимости реформ в Киевской митрополии (из 16 епископов Западнорусской церкви в XVI в. 10 иерархов на время принятия епископского сана были женаты. В Перемышльской и Холмской епархиях в последние десятилетия XVI в. неженатым вступил на кафедру лишь Арсений (Брылинский)). Обстоятельства и время назначения Михаила и его хиротонии исследователям хорошо известны. Королевская грамота Михаила на Перемышльское епископство была дана в Кракове 20 мая 1591 г. Платон Николаевич Жукович обратил внимание на то, что в актах коронной метрики указана другая дата – 13 марта 1591 г. По мнению исследователей, епископ был номинирован в марте, а в мае получил подтвердительную грамоту. В судебном акте от 1 мая 1591 г. Михаил назван «наречённым епископом греческого обряда» («nominatus episcopus ritus greci»). Патриарх Иеремия II Транос в письме от мая 1591 г. не одобрял кандидатуру «сыновца» умершего епископа Арсения (Брылинского), т.е. Михаила, и не рекомендовал его рукополагать. По мнению исследователей, Михаил был хиротонисан во епископа летом 1591 г. (30 августа этого года он, будучи уже архиереем, дал грамоту об учреждении братства в Городке (ныне Львовской области, Украина)). Михаил как кандидат на Перемышльскую епархию имел поддержку местной шляхты. По мнению исследователей, о передаче кафедры своему женатому племяннику договорился епископ Арсений (Брылинский). Однако в процесс замещения кафедры вмешался Львовский епископ Гедеон (Балабан), который попытался возглавить Перемышльскую епархию. После смерти Арсения (Брылинского) Гедеон (Балабан) получил распоряжение митрополита Михаила (Рагозы) посетить Перемышльскую епархию; визитация епархии Гедеоном в марте 1591 г. говорит исследователям о крайнем расстройстве дел в годы правления епископа Арсения (Брылинского). В послании духовенству Перемышльской епархии епископ Гедеон (Балабан) призвал клириков к повиновению. Михаил так писал о попытках Львовского архиерея вытеснить его из Перемышля: «Такожде маю на себе и на сию епископею лва велезубънаго, которыи завше извещает о мне, где бы ихал, хотящи мя убити телесне, а убивши, хощет, яко лев, позрящи сию епископию».