Исследователи полагают, что Львовский епископ подал протестацию под влиянием князя Константина Константиновича Острожского, стремившегося остановить процесс подготовки унии: в июне 1595 г. состоялась встреча Гедеона (Балабана) с князем, и тот убедил епископа помириться с Львовским братством и остаться в православии. В августе того же года такой же протест подал Михаил, фактически скопировав протестацию Гедеона (Балабана). Михаил не жаловался на подделку униатской грамоты от 24 июня 1590 г., поскольку он тогда ещё не был епископом, он оспаривал правомочность декларации Сокальского съезда. В «деле бланкет» фигурирует также Перемышльский епископ Арсений (Брылинский): на одной из чистых «мемран» есть его подпись и печать (Российской государственный исторический архив). Исследователи полагают, что Михаил присоединился к антиуниатской акции, организованной князем К.К. Острожским в результате трёхстороннего соглашения между князем, Гедеоном (Балабаном) и Львовским братством. Причины отхода Гедеона (Балабана) и Михаила от участия в подготовке унии объясняются последующими событиями, когда и во Львовской, и в Перемышльской епархиях население, прежде всего, многочисленная православная шляхта, сохранило свою веру, а Гедеон (Балабан) и Михаил были тесно связаны с местной шляхетской средой. С августа 1595 г. Михаил находился в оппозиции к унийному движению, вместе с Гедеоном (Балабаном) твёрдо встал во главе православных. Несмотря на это, их имена фигурировали в процессе принятия унии в Риме. Так, в булле папы Римского Климента VIII «Magnus Dominus» о соединении Киевской митрополии с Римской церковью, провозглашённой 23 декабря 1595 г., перечислены имена всех епископов, участвовавших в подготовке унии. Михаил и Гедеон (Балабан) названы среди епископов, подписавших декларацию от 15 июня 1595 г. Этот перечень повторен в присяге Ипатия Потея, который выразил надежду на то, что упомянутые владыки одобрят униатские решения; то же самое повторил Кирилл (Терлецкий). В булле папы от 23 февраля 1596 г. «Decet Romanum Pontificem» приведён перечень епископов-униатов, включающий имя Михаила. В бреве от 7 февраля 1596 г. Климент VIII благодарил всех русских епископов, которые склонились к унии, в том числе Михаила. В письмах римско-католическим епископам, отправленных из Рима в тот же день, в том числе Перемышльскому Вавжинцу (Лаврентию) Гослицкому и Львовскому Яну Дмитрию Соликовскому, в общих чертах говорится о принятии унии епископатом Русской церкви во главе с митрополитом Михаилом. У исследователей создаётся впечатление, что в Риме до Брестского собора в октябре 1596 г. (см. Брестская уния) не знали о том, что Львовский и Перемышльский епископы отказались от унии. Использование при заключении унии в Риме имён Гедеона (Балабана) и Михаила стало предметом более поздней полемики. Если Христофор Филалет считал это неправомерным, то Ипатий Потей, ссылаясь на подписи епископов под декларацией 1595 г., называл обоих владык «апостатами» унии. Исследователи полагают, что участие Михаила в Соборе православных в Бресте в октябре 1596 г. первоначально не предполагалось.