Результатом миссионерских путешествий стали путевые заметки «Инородцы Нарымского края» («Томские епархиальные ведомости», 1890 г.), а также «Материалы для изучения языка васьюганских инородцев (остяков) Нарымского края» («Томские епархиальные ведомости», 1890 г.). После вступления на Томскую кафедру Макарий вновь совершил миссионерское путешествие в Нарымский край в июле и августе 1891 г.; в январе 1896 г. – архипастырскую поездку в город Нарым, посетив «лежащие на пути туда и обратно сёла, деревни и инородческие юрты, числом около 25». По инициативе и под руководством Макария были напечатаны на алтайском языке «Деяния святых апостолов» (1902 г.) и сборник Стихир Святой Пасхи «Да воскреснет Бог» (1900 г.), «Библейские повествования Нового Завета: земная жизнь Господа Иисуса Христа» (1901 г.), а также «Простая речь о Боге и великих делах Божиих». В 1908 г. Макарий начал работу по переводу на алтайский язык всего Четвероевангелия. Оно было напечатано в 1910 г. в типографии приюта и Дома трудолюбия, там же в 1913 г. вышла «Священная история Нового Завета» на алтайском наречии. Макарий являлся председателем Томского комитета Православного миссионерского общества, а также председателем Томского отдела Императорского Православного Палестинского общества. Среди паствы распространялись сборники бесед, поучений, речей и воззваний Макария, выручка от продажи которых шла в пользу томского Дома трудолюбия. Многие поучения Макария печатали в «Томских епархиальных ведомостях». В 1910 г. в Томске вышло полное собрание его проповеднических трудов за период служения в архиерейском сане. В октябре 1905 г., во время первой русской революции, в Томске произошли массовые беспорядки, сопровождавшиеся убийствами и грабежами. Макарий принимал все зависевшие от него меры, чтобы отвратить народ «от такого дела, противного заповеди Христовой и позорящего имя христианское». Один, без сопровождающих, епископ несколько раз выходил к толпе и пытался остановить её увещаниями, но его не послушали. «На мои убеждения грабившие отвечали молчанием, когда я становился у одного окна, преграждая путь для выносивших чрез него похищаемые вещи, они отходили к другому окну и тащили чрез него; когда я подходил к этому окну, они подходили к дверям и несли мимо меня похищенное. Так ни с чем я и воротился домой». Совещание томского духовенства под председательством Макария обратилось к томскому купечеству с призывом помочь пострадавшим при погромах (было собрано 10 тыс. руб.). Впоследствии в либеральной печати Макария обвиняли в «благословении» на совершение беспорядков в Томске, хотя это опровергалось опубликованными свидетельствами очевидцев. В связи с опросом епархиальных архиереев о предполагавшейся церковной реформе Макарий направил 5 января 1906 г. в Синод свой отзыв, основанный на многолетнем опыте миссионерского, пастырского и архиерейского служения. Он выступил за возвращение Русской церкви к древнему каноническому соборному принципу: особо важные вопросы, по его мнению, должны решать всероссийские поместные Соборы, в которых правом совещательного голоса могли бы пользоваться и миряне.