Под руководством опытнейшего алтайца-переводчика Михаила Васильевича Чевалкова (впоследствии протоиерей) овладел алтайским языком (телеутским наречием). Обучал детей алтайцев церковному пению, читал им Жития святых, вёл духовные беседы с новокрещёными, занимался с ними ежедневным чтением и толковал им духовно-нравственные книги. 25 января 1857 г. стал рясофорным послушником и был послан начальником миссии протоиереем Стефаном (Степаном) Васильевичем Ландышевым на испытание в Чулышманский миссионерский стан на Телецком озере, где в дальнейшем намечалось устройство монашеской обители. После окончания испытательного срока продолжил работу в Улалинской миссионерской школе. Помимо преподавательской деятельности исполнял обязанности катехизатора. Сопровождал священников-миссионеров (в том числе священника Василия Ивановича Вербицкого) в поездках по отдалённым селениям алтайцев и шорцев, иногда до приезда священника посещал новокрещёных, чтобы подготовить их к причастию. 16 марта 1861 г. по ходатайству Томского и Енисейского епископа Порфирия (Соколовского) пострижен в монашество с именем Макарий в честь преподобного Макария Великого и в память основателя Алтайской миссии архимандрита Макария (Глухарёва). 17 марта рукоположён епископом Порфирием (Соколовским) во диакона, 19 марта – во иерея. Макарий получил назначение в Чемальский стан Бийского округа. За два года он обратил в православие околол 50 алтайцев, кочевавших у Чемала. Для утверждения новокрещёных в православной вере Макарию пришлось временно переселиться в село Чопош (ныне Чепош), затем он вернулся в Чемальский стан. Особой заботой Макария были дети. Духовно-нравственное воспитание и обучение новокрещёных алтайцев и их детей Макарий считал важнейшей задачей миссионерского служения. Он сам учил детей грамоте, молитвам и церковному пению. По воспоминаниям одного из алтайцев, «когда о. Макарий был у нас миссионером, он в вечернюю пору всегда приходил в нашу юрту со своими научениями. Ребят у нас было много, бывало, он придёт в юрту нашу, нас всех посадит к огоньку и начнёт с нами занятия. Почитает, заставит петь молитвы. Попоём, станет опять учить, как надо крестное знамение творить, как поклоны класть. То опять станет рассказывать, чисты ли рученьки у детишек, всё ли опрятно в юрте. Часто он бывал: на неделе раза два-три обязательно приедет…». Миссионерское служение алтайского благовестника не ограничивалось духовно-просветительной деятельностью и совершением богослужений. Помогая новокрещёным алтайцам в переходе к осёдлому образу жизни, Макарий учил их пахать землю, сеять хлеб, строить избы. Он постоянно проявлял заботу о здоровье своих пасомых, лечил больных, видя в медицине одно из средств «завоевания сердец и расположения инородцев». Первые семь лет служения миссионера в Алтайской духовной миссии были одним из самых трудных периодов его пребывания на Алтае. Позже Макарий не раз говорил о трудностях, которые сопровождали его благовестническое служение алтайскому народу: «Служение миссионерское, как служение апостольское, есть более всего – ряд скорбей, болезней и трудов. Мы не говорим уже о трудностях миссионерских путешествий, которые доводится совершать редко в экипаже, никогда в вагоне, но нередко пешком, на лыжах, часто верхом, на лодке под дождём, иногда в снежную метель. Всё это - болезни и труды для тела. Но есть страдания бо́льшие – страдания души. Миссионер – страдалец: он страдает душой в начале служения своего от среды, в которую он попадает, там нет ни родной семьи, ни родного общества, ни привычной для него жизненной обстановки. Затем он страдает за юную паству свою».