В качестве постоянного центрального учреждения, управляющего церковью, должен действовать Синод из епископов и пресвитеров во главе с патриархом. Для обсуждения вопросов местного значения Макарий предлагал созывать раз в три – четыре года областные или окружные Соборы. Он также выступил за расширение сферы компетенции епархиальных съездов. Макарий предложил и ряд мер по улучшению преподавания в духовных учебных заведениях: введение в круг семинарских дисциплин законоведения, космографии, краткого курса медицины, расколоведения; увеличение часов на преподавание новых языков за счёт сокращения времени на изучение древних языков; отделение пастырской школы от общеобразовательной путём создания двух-трёхгодичных пастырских курсов для лиц, прошедших полный курс среднеобразовательной школы. Макарий считал требовавшим неотложного решения и вопрос о благоустройстве православных приходов. По его мнению, каждый христианин должен принадлежать к какому-нибудь приходу и вносить свою лепту на содержание церкви, причта, просветительных и благотворительных учреждений. Священник должен знать всех своих пасомых и как можно чаще посещать их дома. В каждом приходе непременно должно быть учреждено попечительство – для благоустройства и украшения храма, обеспечения причта, устройства школы, больниц, богаделен и домов призрения. Труд духовенства следует одинаково оплачивать во всех приходах или из Государственного Казначейства, или через обложение прихожан. В 1912 г. в связи с назначением Московского митрополита Владимира (Богоявленского) на Санкт-Петербургскую кафедру обер-прокурор Синода Владимир Карлович Саблер предложил на освободившуюся Московскую кафедру кандидатуру архиепископа Антония (Храповицкого; впоследствии митрополит). Однако император Николай II, вначале поддержавший эту кандидатуру, в итоге принял решение о назначении на Московскую кафедру Макария. По свидетельству очевидцев, «государь почитал Владыку Макария как старца и часто называл его «великим подвижником и праведником», «святым угодником Божиим»». Указом от 25 ноября 1912 г. Макарий был назначен митрополитом Московским и Коломенским, священноархимандритом Свято-Троицкой Сергиевой лавры и постоянным членом Синода. Некоторые считали, что сам Николай II не был знаком с Макарием, и что на назначение повлияло мнение Григория Ефимовича Распутина. На подобные измышления Макарий отвечал, что до своего назначения на Московскую кафедру не был знаком с Г.Е. Распутиным и после прибытии в Москву имел с ним лишь одну краткую встречу. Однако негативное отношение к Макарию со стороны московской либеральной общественности сохранялось. 22 декабря 1912 г. Макарий прибыл в первопрестольную столицу. В этот день в Успенском соборе он отслужил первую Божественную литургию. Перед её началом Макарий обратился ко всем присутствовавшим с приветственным словом: «Изрекая вам, возлюбленные, о имени Христове мир, и сам я, как имеющий нужду в Божией помощи, прошу любовь вашу поспешествовать мне молитвами вашими в моём многотрудном пастырском служении. Благодать, милость и мир да пребудет с вами во все дни нашего сопребывания».