В 1867–1868 гг. Макарий вновь побывал в Санкт-Петербурге в связи с публикацией подготовленных им книг для Алтайской миссии. Его трудами были изданы на алтайском языке: «Евангелия воскресныя, на Литургии чтомыя, на наречии алтайских калмыков» (1868 г.), «Избранные места из Евангелия, Литургия св. Иоанна Златоустого» (второе издание напечатано в 1887 г.), «Чинопоследование Святого Крещения». В 1868 г. в Санкт-Петербурге была напечатана первая алтайская азбука («Букварь для обучения детей крещеных алтайских инородцев церковному и гражданскому чтению»), подготовленная Макарием совместно с М.В. Чевалковым. В Центральном государственном историческом архиве Санкт-Петербурга сохранилась рукопись, с которой была напечатана первая алтайская азбука. Текст «Букваря...» написан рукой Макария (установлено по почерку). В июле 1868 г. он был направлен в Казань для участия в доработке и подготовке к печати краткой грамматики алтайского языка, составленной протоиереем Василием Ивановичем Вербицким. Доработка была поручена Синодом Н.И. Ильминскому, а тот пригласил для этой цели Макария, который, по мнению профессора, в совершенстве владел алтайским языком. Под научным руководством Н.И. Ильминского работа велась в течение 1868–1869 гг. Грамматика алтайского языка, снабжённая русско-алтайским и алтайско-русским словарями, была напечатана в 1869 г. в типографии Казанского университета. Этот труд положил начало изданию других переводов алтайских миссионеров и научных грамматик тюркских языков народов России в целом. Не менее важным направлением миссионерского служения Макария были труды в сфере образования. Ещё во время своих первых поездок в Санкт-Петербург он обратил внимание на деятельность в Казани миссионерских татарских («инородческих») школ. Приехав в Казань в июле 1868 г., занялся изучением школьного дела по системе Н.И. Ильминского и принял активное участие в её развитии. Так, будучи знатоком церковного пения, Макарий создал практику хорового исполнения детьми молитв и песнопений на родном языке. Также он переложил на ноты по цифирной системе церковные песнопения, что оказалось очень удобным для детей, и обучил регентскому делу одного из воспитанников школы. В Великий пост и на Пасху 1869 г. Макарий впервые совершал богослужения на татарском языке и обучил новопоставленного инородческого священника Василия Тимофеевича Тимофеева ведению службы на татарском и русском языках, положив, таким образом, в Казанской епархии начало богослужениям на татарском языке. За заслуги в деле просвещения Совет братства святителя Гурия Казанского избрал его своим пожизненным членом. Пробыв в Казани полтора года, Макарий к моменту своего отъезда в декабре 1869 г. подготовил подробный план организации инородческого школьного дела, который стал успешно внедрять в Алтайской духовной миссии. В селе Чопош он открыл училище на 70 человек с общежитием по типу школ профессора Н.И. Ильминского для крещёных татар. Впоследствии училище готовило учителей из крещёных алтайцев, кроме того, сами ученики стали посещать окрестные селения для чтения местным жителям назидательной литературы, проведения с ними бесед и совместного пения молитв.