В 1884 г. по поручению Томского епископа Владимира (Петрова) Макарий учредил в Бийске Братство святого Димитрия Ростовского для возвращения в православную церковь старообрядцев. Во время миссионерских путешествий Макарий неоднократно посещал поселения старообрядцев, проводил с ними беседы. В поездках обличал ссыльных революционеров, которые, по его мнению, оказывали разлагающее влияние на коренных жителей Алтая. Это вызывало ненависть к нему врагов церкви. 22 мая 1886 г. был подожжён архиерейский дом в Бийске. Сгорели ценная библиотека и архив Миссии, а также здание катехизаторского училища. Чудом избежавшему гибели Макарию удалось спасти от огня только напрестольный крест, антиминс, Евангелие и потир из домового Казанского храма. К 1888 г. на пожертвования местных жителей здание Бийского архиерейского дома было восстановлено. 17 января 1891 г. по указу Синода в связи с переводом Томского и Семипалатинского епископа Исаакия (Положенского) на Кишинёвскую кафедру управление Томской епархией до особого распоряжения было поручено Макарию. 14 февраля того же года он прибыл в Томск и вскоре совершил обзорную поездку по епархии. 26 мая того же года Макарий был утверждён в должности правящего епископа Томского и Семипалатинского и освобождён от руководства Алтайской миссией. 5 июля 1891 г. участвовал во встрече в Иверской часовне города Томска цесаревича, будущего императора Николая II, который возвращался из Японии. В 1895 г. с учреждением самостоятельной Омской епархии, к которой отошла часть приходов Тобольской и Томской епархий, Макарий стал именоваться епископом Томским и Барнаульским. Дважды (в 1902 и 1908 гг.) его вызывали в Санкт-Петербург для присутствия на заседаниях Синода. 6 мая 1906 г. был возведён в сан архиепископа. После учреждения в октябре 1908 г. Барнаульского викариатства Макарий именовался архиепископом Томским и Алтайским. Он много сделал для развития Томской епархии. В 1896 г. основал епархиальный свечной завод. 10 октября 1895 г. жители посёлка Новониколаевского (ныне Новосибирск), строители Транссибирской магистрали, послали прошение Макарию о строительстве церкви во имя Александра Невского у железнодорожного моста через реку Обь. 29 декабря 1899 г. Макарий совершил освящение главного престола храма Александра Невского (в 1915 г. храм получил статус собора; был закрыт в 1937 г.; возвращён церкви в 1989 г.; освящён патриархом Алексием II 15 мая 1991 г.). Знаменательным событием стало завершение строительства кафедрального собора, заложенного ещё в 1845 г. 25 мая 1900 г. Макарий освятил в Томске новый Троицкий собор, построенный по типовому проекту Константина Андреевича Тонa. Важнейшей своей задачей Макарий считал духовное просвещение в епархии. 23 августа 1891 г. он обратился к епархиальному духовенству с воззванием, впоследствии ставшим программным. Макарий призвал пастырей: «Учите ваших пасомых! Учите всех: старых и малых, учите всякий возраст и пол… и в церкви, и в школе, и в доме, и в городах, и в сёлах, и в деревнях». Осуществить эту задачу Макарий считал возможным через проповедь во время богослужения, внебогослужебные беседы, школьное законоучительство, т.е. «книгою, писанием, словом живым».