Насущной потребностью в Томской епархии было развитие школьного дела. К 1891 г. из 382 приходов епархии в 238 не было школ, принадлежавших духовному ведомству, в 178 приходах вне школ оставалось больше 63 тыс. детей, в том числе 5,5 тыс. в приходах Томского округа. Уже 2 сентября 1891 г. при Томском архиерейском доме была открыта образцовая церковноприходская школа, для которой Макарий разработал учебные программы, написал «изложение истории христианского домостроительства и главнейших догматов о Боге и Святой Церкви». По инициативе Макария в Томске были открыты начальные церковные школы – при кафедральном соборе, а потом и при других церквах города. На съезде благочинных Томской епархии Макарий убеждал их в том, что в каждом селе необходимо открыть подобные школы и приложить все усилия к тому, чтобы обучение в них находилось на должном уровне. За время архиерейского служения Макария на Томской кафедре епархия заняла первое место среди других сибирских епархий по числу церковных школ. Если в начале управления Макария епархией в ней было всего 183 церковные школы с 3,7 тыс. учеников, то к 1911 г. число школ возросло до 935 с 45 тыс. учащихся. В 1891 г. училище при Томском архиерейском доме было преобразовано в шестиклассное Томское епархиальное женское училище. В том же году была учреждена епархиальная библиотека, в которой в течение всего года по воскресным дням все желающие могли посещать уроки веры, получать исторические и географические сведения, слушать рассказы о жизни российского общества. Большое значение Макарий придавал и духовно-учебным заведениям. В 1899 г. Томская духовная семинария получила собственное новопостроенное здание, было расширено помещение Томского епархиальное управление. Особое внимание Макарий уделял внебогослужебным беседам. Осенью 1891 г. почти во всех приходских церквах и в духовных учебных заведениях Томска были введены внебогослужебные религиозно-нравственные чтения. 18 декабря 1891 г. Макарий первым из томских архиереев положил начало публичным религиозно-нравственным чтениям для интеллигентной публики. Занятия сопровождались чтением молитв, исполнением церковных песнопений и духовных кантов. По инициативе Макария широкое распространение получили сборники духовных песнопений «Первая Лепта» и «Вторая Лепта». В Томске Макарий продолжил деятельность по привлечению старообрядцев к церковному единству. 21 февраля 1893 г. в зале Воскресенского училища он открыл внебогослужебные собеседования со старообрядцами, а 21 сентября того же года перенёс из города Бийска в Томск совет Братства св. Димитрия Ростовского, как орган центрального управления, оставив в Бийске отделение совета Братства. Свой прежний миссионерский способ действия Макарий распространил на всю Томскую епархию. Как писал Н.И. Ильминский в письме Константину Петровичу Победоносцеву: «Преосв. Макарий говорил поучение тысячной толпе инородцев – и все смолкали и слушали с благоговением и слезами… Не есть ли это те реки воды живы, о коих сказал Спаситель, что они истекут из чрева не учёного книжника, а искренно верующего?»