С первых дней вступления на Томскую кафедру Макарий заботился об открытии в епархии церковноприходских попечительств. Особая необходимость в них возникла в связи с неурожаем хлеба в 1891 г. и эпидемией холеры в 1892 г., смертность во время которой составила до 56% от числа заболевших. В это время множество переселенцев из Поволжья двинулось в Сибирь через Томск в поисках пропитания и жилья. Макарий издал распоряжение об открытии в приходах бесплатных столовых, особых помещений для больных, об организации попечительств и о сборе пожертвований. Первое такое попечительство было открыто в городе Томске 24 сентября 1891 г. при Духосошественской церкви, в следующем году – при Томском кафедральном соборе и при шести приходах томских церквей; 4 марта 1892 г. – при кафедре Томского епископа. На средства, собранные прихожанами, содержались школы, приюты, оказывалась помощь беженцам. 1 октября 1892 г. при томском Иоанно-Предтеченском женском монастыре был открыт Сиропитательный дом трудолюбия. Макарий сделал туда первый взнос и ежегодно выделял по 500 руб. из средств попечительства о бедных. С 14 октября 1893 г. Дом трудолюбия был взят на попечение кафедрой Томского епископа. Впоследствии для этого благотворительного учреждения на территории одного из монастырей было выстроено здание с церковью. 20 октября 1892 г. в Томске открыли ночлежный дом, Макарий также основал Томское общество попечения о бедных и бездомных «Пчельник». 30 мая 1893 г. в приходе томской Христорождественской церкви по инициативе Макария был открыт первый в Сибири дневной детский приют «Ясли», куда работающие матери могли отдавать детей. К концу пребывания Макария на Томской кафедре в городе насчитывалось уже 11 церковноприходских попечительств, занимавшихся сбором средств для бедных, шесть приютов для детей, ночлежный дом, пять богаделен, в том числе одна для лиц духовного звания. По настоянию Макария попечительства (всего около 500) постепенно покрыли густой сетью всю епархию, для объединения же деятельности попечительств при Томской кафедре было открыто епархиальное центральное попечительство. В епархии развивалось и трезвенническое движение. Первое общество трезвости приступило к работе в 1894 г. К 1909 г. действовало уже 14 обществ трезвости. Несмотря на чрезвычайную обширность епархии (760 тыс. кв. вёрст), «на отсутствие не только удобных, но подчас хотя бы каких-нибудь путей сообщения…», в Томской епархии практически не было прихода, где бы паства не видела своего архипастыря. Объезжая южную часть епархии, он обязательно заезжал в Улалу и родной ему Чемал, где 1 мая 1911 г. состоялось торжественное открытие основанной им иноческой женской общины с приютом и школой для детей-сирот. На острове Патмос на реке Катунь близ общины сёстры поставили для Макария небольшую келью, в которой он любил уединяться для молитвы. Первые миссионерские путешествия на север Томской губернии он совершил ещё в 1887 и 1889 гг., будучи начальником Алтайской духовной миссии. В ходе этих посещений Макарий обратил внимание на изучение языка и религиозного состояния коренных жителей (остяков), подлежащих ведению Миссии.