29 декабря 1871 г. по представлению Казанского и Свияжского архиепископа Антония (Амфитеатрова) Макарий был возведён в сан игумена. 13 марта 1875 г. он был назначен помощником начальника Алтайской духовной миссии архимандрита Владимира (Петрова; с 1880 г. – епископ Бийский). По свидетельству историка Алтайской миссии Ильи Ивановича Ястребова, «их трудами создана та всесторонняя система просветительного воздействия на инородцев, которой следует подражать и другим нашим миссиям». На Макария были возложены обязанности ежегодно инспектировать все миссионерские станы и наблюдать за состоянием школьного дела в миссии. Кроме того, он стал заведующим центральным Улалинским миссионерским училищем. При Макарии училище пополнилось учениками, которые позже стали первыми на Алтае катехизаторами из инородцев. Наиболее способных старших учеников Макарий привлекал к переводческому делу. Результатом этой работы стало появление библиотеки христианской литературы на алтайском языке, как переводной, так и оригинальной, печатной и рукописной. В 1875 г. Макарий перевел и издал на алтайском языке «Учебный Часослов», «Правило для готовящихся к Святому Причастию», «Требник с дополнениями». В 1878 г. в Томске было напечатано Евангелие от Матфея на алтайском языке, а в следующем году – «Воскресное всенощное бдение» на алтайском языке с параллельным церковнославянским текстом. В 1879 г. в Казани Православным Миссионерским обществом тиражом 1200 экз. была издана «Священная история Ветхого и Нового Заветов», переложенная с татарского на алтайский язык воспитанниками Улалинского училища. Развитие Алтайской духовной миссии потребовало создания собственной издательской базы. Ещё в 1876 г. в ответ на ходатайство Макария Миссия получила разрешение на устройство типографии. Также была образована комиссия по рассмотрению предназначенных к изданию рукописей на алтайском языке, её председателем стал начальник Алтайской духовной миссии архимандрит Владимир, а Макарий – одним из цензоров. С конца 1880 гг. книги на алтайском языке начали печатать в Томске и Бийске. Будучи ещё помощником начальника Миссии, Макарий поддерживал связь с афонскими монахами. Об этом сохранились сведения в записках протоиерея Александра Ивановича Сулоцкого. 29 июня 1883 г. Макарий был возведён в сан архимандрита, а 29 декабря того же года в связи с назначением Бийского епископа Владимира (Петрова) правящим Томским архиереем и освобождением его от руководства Алтайской духовной миссии был назначен её начальником. К этому времени он имел уже почти 30-летний опыт миссионерской деятельности. 12 февраля 1884 г. хиротонисан во епископа Бийского, викария Томской епархии, с сохранением должности начальника Алтайской духовной миссии; хиротонию возглавил Томский епископ Владимир (Петров). Под руководством Макария Миссия достигла расцвета: за семь лет (с конца 1883 г. до конца 1890 г.) число крещёных жителей Алтая увеличилось с 10 тыс. до 22,8 тыс. человек, были устроены 57 новых селений для новокрещёных, построены шесть новых церквей.