Поскольку правки «Апостола» хуже засвидетельствованы в ересеологической литературе, во многих случаях текст Маркиона исследователи точно установить не могут. Начиная с середины XIX в. некоторые западные исследователи, считавшие сообщения ересеологов предвзятыми и недостоверными, пытались (главным образом, на евангельском материале) доказать, что в действительности Маркион ничего не удалял из новозаветных текстов, а те отрывки, которые ересеологи называли «удалёнными», являются позднейшими вставками, сделанными ортодоксальными христианскими писателями по разным побуждениям, в том числе и с целью опровержения учения Маркиона. Однако гипотеза первенства Маркиона при её соотнесении с историей распространения и церковной рецепции новозаветных текстов, а также с данными, полученными в результате их лексического и тематического анализа, сталкивается с серьёзными сложностями, вследствие чего она не стала общепринятой в современной науке. С созданной Маркионом редакцией Посланий апостола Павла некоторые учёные связывали так называемые маркионовские прологи – сохранившиеся в некоторых древних латинских рукописях Нового Завета краткие введения к Посланиям, сообщающие об обстоятельствах и месте их создания. Исследователи отмечают, что в пользу маркионовского происхождения этих прологов свидетельствуют: 1) порядок прологов, совпадающий с порядком Посланий апостола Павла в «Апостоле» Маркиона; 2) упоминание в ряде прологов «лжеапостолов» («falsi apostoli», «pseudoapostoli»): в прологах сообщается, что поводом к написанию Посланий стало то, что жители разных провинций после принятия истинного Евангелия были совращены лжеапостолами (при этом относительно «Послания к Римлянам» говорится, что римляне «под именем Господа нашего Иисуса Христа лжеапостолами были введены в [следование] закону и пророкам»). Исследователи полагают, что если упоминание о лжеапостолах может быть объяснено из текстов Посланий, то отрицательное отношение к закону и пророкам было характерно именно для маркионитов и едва ли могло быть в такой форме высказано православным писателем. В настоящее время большинство учёных разделяют точку зрения, подробно обоснованную Н. Далем, и считают, что для объяснения структуры и содержания прологов нет необходимости предполагать их возникновение в кругу последователей Маркиона, однако остаются и сторонники версии о маркионовском происхождении прологов. Хотя исследователи не исключают, что прологи действительно были составлены или отредактированы последователями Маркиона, считать их автором самого Маркиона нет оснований.