Исследователи отмечают, что Маркион различал два несводимых друг к другу и противоположных друг другу божественных начала. Он не предлагал какой-либо философской интерпретации этих начал и строил все рассуждения о них на основе тех сведений о Боге, которые сообщаются в книгах Ветхого и Нового Заветов. На основании свидетельств ересеологов об учении Маркиона эти начала могут быть обозначены как Бог Ветхого Завета (или «злой» Бог) и Бог Нового Завета (или «благой» Бог). Имеющиеся свидетельства не позволяют исследователям определить, каким образом Маркион объяснял бытийное отношение между этими двумя началами; исследователи полагают, что либо он вообще избегал теоретических рассуждений о природе божества как таковой и о том, каким образом могут сосуществовать два Бога, либо эта часть его учения осталась за пределами внимания ересеологов. Опираясь на предложенные Маркионом решения некоторых частных вопросов, исследователи готовы восстановить лишь отдельные элементы используемой им общей концепции божества. Маркион считал Бога Ветхого Завета и Бога Нового Завета истинными Богами; он не объявлял эксплицитно Бога Ветхого Завета злым духом или дьяволом, признавал Его божественную природу, Его силу и могущество творца, Его власть судьи. Исследователи отмечают, что именование «Бог» у Маркиона в обоих случаях употребляется в одном и том же смысле. Бог Нового Завета «больше» Бога Ветхого Завета, однако не имеет явно выраженного преимущества по отношению к Нему, не есть единый истинный Бог монотеизма. Отличительной особенностью учения Маркиона исследователи называют отсутствие в нём всяких следов теогонии, которая была обязательным элементом политеистических языческих и гностических богословских систем. Маркион не давал ответа на вопрос, является ли Бог Ветхого Завета порождением или творением Бога Нового Завета, зависит ли Бог Ветхого Завета от Бога Нового Завета с точки зрения бытия и творческой деятельности, обладает ли Бог Нового Завета некоей властью над Богом Ветхого Завета. Таким образом, широко и многообразно представленные в современных Маркиону философских и религиозных системах рассуждения о противоборстве доброго и злого начал у Маркиона лишаются онтологического и теологического измерений и переосмысляются исключительно с этической и практической точек зрения. Всё внимание Маркиона было обращено на отношение Бога к людям; именно на основе принципиально различной природы этого отношения было проведено смысловое разграничение сфер двух Богов. Согласно Маркиону, до явления в мир Иисуса Христа Его Отец, Бог Нового Завета, не вступал ни в какие отношения с тварным миром и пребывал в неприступной и непознаваемой сфере божественного бытия. Вследствие этого Ветхий Завет не содержит и не может содержать никаких откровений о Боге Нового Завета и повествует исключительно об ином Боге, Творце и Владыке этого мира. Маркион полагал, что именно к этому Богу относятся слова апостола Павла о «боге века сего» (см.: 2 Кор. 4:4) и прочие аналогичные высказывания в книгах Нового Завета.