Исследователи считают, что восстановление оригинального учения Маркиона весьма затруднительно, поскольку все сведения о его взглядах восходят к обзорным сообщениям авторов, представлявших мнения Маркиона в собственной критической интерпретации. Поскольку сочинения церковных писателей имели полемическую направленность, в них подробно обсуждались лишь отдельные разделы богословской системы Маркиона, а именно те, которые вступали в очевидное противоречие с вероучением христианства, тогда как внутренняя структура системы Маркиона нередко оставлялась без внимания или домысливалась произвольно. Вопрос о том, чем руководствовался Маркион при принятии тех или иных положений собственного учения, из каких предпосылок и мировоззренческих установок он исходил, до настоящего времени остаётся серьёзной научной проблемой, от решения которой зависит, каким образом тот или иной современный исследователь восстанавливает богословскую систему Маркиона и определяет её место среди других философских и религиозных течений II в. К настоящему времени в науке сложились две основные линии интерпретации учения Маркиона. Наиболее ранним, в донаучном виде присутствующим уже в сочинениях некоторых христианских ересеологов, исследователи считают рассмотрение Маркиона как одного из представителей гностицизма II в., разделявшего ряд типичных для гностиков религиозных убеждений и предпосылок. Эта традиционная концепция была оспорена в 1920 гг. Адольфом фон Гарнаком, который указал на ряд фундаментальных различий между взглядами Маркиона и концепциями классического гностицизма, отражёнными, например, в учении гностика Валентина. Предложенная Адольфом фон Гарнаком альтернативная интерпретация Маркиона как христианского библеиста и реформатора, система убеждений которого сформировалась в процессе изучения идей апостола Павла и критического чтения в их свете Ветхого Завета, остаётся весьма влиятельной до настоящего времени. В XX–XXI вв. были выдвинуты и другие гипотезы относительно исходного пункта и основания богословской системы Маркиона; источниками его идей объявлялись различные школы греческой философии, восточной религии и культы, свойственное ему личное пессимистическое восприятие мира и т.д. При этом слабостью многих исследовательских интерпретаций (в том числе классических гностической и паулинистической) исследователи называют тенденцию считать учение Маркиона развитием идей, заимствованных из некоего одного источника. Исследователи считают, что в действительности особенности учения Маркиона объяснимы лишь при допущении, что оно складывалось в процессе синтеза разнородных мировоззренческих систем и является частным случаем типичной для II в. философской и религиозной эклектики. Исследователи считают, что принципиальными основаниями, на которых Маркион строил своё учение, являются его убеждённость в спасительности христианства и дуалистическое представление о зле.