В результате вмешательства великих держав Высокая Порта вновь предоставила широкую автономию Горному Ливану с его компактно проживавшим христианским населением. В администрации автономии была введена пропорционально-конфессиональная система представительства; одно из 12 мест административного совета резервировалось за униатами. Трагические события 1860 г. вызвали первую волну эмиграции членов Мелькитской католической церкви в страны Южной и Северной Америки, Европы и Австралии. Основным содержанием церковной истории арабов-униатов во второй половине XIX в. были взаимоотношения с Папским престолом, в частности, столкновение римской политики латинизации униатов со стремлением арабов к сохранению своей культурной и обрядовой самобытности. Этот конфликт достиг своего пика в конце 1850 гг., когда по настоянию Римской курии мелькитский патриарх Климент Бахус (1856–1864 гг., ум. в 1882 г.) согласился на введение в Мелькитской католической церкви григорианского календаря (1857 г.). Ряд архиереев во главе с Бейрутским митрополитом Агапием Риаши (которого Папский престол незадолго до этого исключил из кандидатов на патриаршество) выступили против такого решения; начался массовый переход униатов в православие. Лидеры этого движения священники Иоанн Масамири (впоследствии православный епископ Пальмиры, потом вернулся в Мелькитскую католическую церковь) и Гавриил Джибара вели переговоры с греческими иерархами о воссоединении с православной церковью на условиях сохранения у мелькитов арабоязычной иерархии и богослужения. Российская дипломатия активно поддерживала начавшийся процесс, выделяла средства на строительство церквей для воссоединившихся униатов. В течение некоторого времени казалось, что проблема сирийской унии близка к разрешению. Однако после христианско-мусульманских конфликтов 1860 г. большинство бывших униатов вернулись к прежнему исповеданию, возможно, под впечатлением демонстрации французской военной мощи в Ливане в 1860–1861 гг., когда страна была на время оккупирована французскими войсками под предлогом защиты местных христиан. Истощивший силы в борьбе за календарную реформу патриарх Климент в 1864 г. попросил папу Римского Пия IX (1846–1878 гг.) принять его отречение от престола. Однако и после этих потрясений отношения мелькитов с Папским престолом складывались непросто. Новый патриарх Григорий II Юсуф (1864–1897 гг.) хотя и поддерживал внедрение григорианского календаря, тем не менее, не раз конфликтовал с Римом по разным вопросам. На первом Ватиканском соборе (1870 г.) патриарх Григорий, прибывший вместе со своим предшественником по патриаршеству Климентом Бахусом и восемью епископами Мелькитской католической церкви, критиковал догмат о непогрешимости (безошибочности) Римского папы в вопросах веры и морали, видя в нём угрозу чрезмерной централизации церковной власти (декларации от 23 мая и 14 июня 1870 г.). Патриарх уехал в Египет раньше окончания Собора, однако в феврале 1871 г. согласился с присланными ему из Конгрегации пропаганды веры соборными решениями, подчеркнув при этом необходимость сохранения всех прав и привилегий восточных католических патриархов, гарантированного Ферраро-Флорентийским собором («salvis omnibus juribus et privilegiis patriarchum»). Римская политика латинизации униатов пережила ряд подъёмов и спадов. В правление папы Римского Льва XIII (1878–1903 гг.) преобладала тенденция сохранения восточных обрядов у униатских церквей ради облегчения римской пропаганды в среде традиционных церквей Востока.