После его смерти в ноябре того же года патриархом был избран Бейрутский митрополит Афанасий Даххан с именем Феодосий V(VI; 1761–1788 гг.). Раскол в Мелькитской католической церкви продолжался несколько лет. Афанасий Джаухару закрепился в монастыре Дайр-эль-Мухаллис под покровительством друзского феодального клана Джумблатов, Феодосий ушёл в Акку под защиту владетеля Галилеи Дахира аль-Умара. Несмотря на то что Афанасий Джаухару ездил в Рим, пытаясь склонить Римского папу Климента XIII (1758–1769 гг.) на свою сторону, ему пришлось в 1764 г. сложить с себя патриарший сан и занять кафедру Тиро-Сидонского митрополита. В 1765 г. он попытался вернуть себе патриаршество, но был вновь низложен папой и в 1768 г. отказался от борьбы за престол. Усиление политического сепаратизма в ряде арабских провинций Османской империи (Горный Ливан, Галилея, Египет) во второй половине XVIII в. привело к сближению местных мусульманских правителей, ориентировавшихся на независимость от Высокой Порты, с униатской общиной, которая в отличие от традиционных конфессий не была включена в общеимперскую административную систему, не признавалась центральными османскими властями и в силу этого была жизненно заинтересована в покровительстве региональных мусульманских лидеров. Униаты поставляли кадры чиновников для полунезависимых ближневосточных владетелей, контролировали торговлю и финансы многих районов Леванта и пытались влиять на политическую ситуацию в Восточном Средиземноморье. Благоприятное положение униатской общины в Горном Ливане и ряде районов побережья привело к массовым миграциям на эти земли сторонников унии из внутренних областей Сирии, где католики периодически подвергались преследованиям османских властей и православного духовенства. В течение XVIII в. численность христианского населения Дамаска и Халеба сократилась почти в два раза, зато настолько же выросло количество униатов на сиро-палестинском побережье. По данным 1815 г., униаты составляли 4,5 тыс. из 15 тыс. жителей Сайды, 2 тыс. из 7,5 тыс. в Акке, большинство населения в Тире, Хайфе, Захле. Вовлечение в морскую торговлю способствовало миграциям униатов в города Египта, где их в начале XIX в. насчитывалось около 4 тыс. Первоначально они жили в Дамиетте, откуда переселялись в Розетту (Рашид), Булак (ныне квартал Каира), Александрию и другие города. Сплочённая и динамичная мелькитская община Египта удачно вписалась в экономическую систему страны, вытеснив конкурирующие этноконфессиональные группировки с постов советников, финансистов, откупщиков при мамлюкских правителях. С 1768 г. мелькиты контролировали все египетские таможни, распоряжаясь огромными финансовыми потоками. Неформальные структуры самоуправления мелькитской общины в Египте возглавляли торговцы и начальники таможен, духовенство занимало нетипично подчинённое положение. Вообще светская элита (торговые кланы, связанные династическими браками) играла крайне важную роль в жизни мелькитской общины.