После смерти Афанасия Джаухара в ноябре 1794 г. на патриаршество был избран Кирилл VII Сайядж, который был митрополитом Хаурана. Он скончался через два года, и в августе 1796 г. престол перешёл к митрополиту Сайды Агапию II (III) Матару. В мелькитской общине сложилось течение, отстаивавшее самобытность Мелькитской католической церкви вопреки римской политике по латинизации католиков восточного обряда. Крупнейшим представителем этого движения был Герман Адам (1725–1809 гг.), уроженец Халеба, который учился в Риме, потом был секретарём и советником патриархов Максима Хакима и Феодосия Даххана, епископа Акки в 1774–1775 гг. и митрополита Халеба в 1777–1809 гг. В 1806 г. по настоянию митрополита Германа был проведён Собор в селении Каркафа, на котором были признаны положения Пистойского синода (1786 г.) об автономии национальных церквей по отношению к Папскому престолу (см. ст. Галликанизм); в 1835 г. Римский папа Григорий XVI (1831–1846 гг.) осудил эти соборные решения. Сочинения митрополита Германа, в которых высказывались воззрения, близкие к православной догматике и отрицавшие авторитет Римского папы в делах восточных церквей, после его смерти изымались из обращения и отправлялись в Рим для сожжения. Исследователи  полагают, что стремлением оградить мелькитскую общину от латинизации была продиктована идея митрополита Германа о создании собственной системы просвещения. Этот проект начал реализовываться уже после его смерти, когда патриарх Агапий основал в 1811 г. мелькитскую семинарию в селении Айн-Траз. Ближайшим учеником митрополита Германа Адама и секретарём Собора в Каркафе был уроженец Халеба священник Максим Мазлум (1779–1855 гг.; впоследствии патриарх Максим III). В 1810 г. он был избран на кафедру Халеба, однако по политическим обстоятельствам не мог осуществлять там своё служение и оставался в Горном Ливане, где возглавил семинарию в Айн-Тразе. Папский престол сомневался в правоверии архиепископа Максима Мазлума, поэтому его избрание на Халебскую кафедру было в 1811 г. аннулировано, а сам он вызван в Рим. Максим Мазлум пребывал в почётной ссылке в Риме с 1813 по 1831 гг., занимаясь учёными изысканиями, переводами, организацией мелькитского прихода в Марселе и участвуя в церковной политике. Патриарху Агапию в феврале 1812 г. наследовал Бейрутский митрополит Игнатий IV Сарруф, убитый по мотивам личной мести в ноябре того же года. В августе 1813 г. на патриарший престол вступил епископ Сайды Афанасий V (VI) Матар, брат патриарха Агапия. Эпидемия чумы 1813 г. нанесла огромный урон ливанскому населению. Умерли патриарх Афанасий (ноябрь 1813 г.) и большинство епископов. Макарий IV Тавиль, бывший епископ Захле, избранный в патриархи в ноябре 1813 г., ненадолго пережил своего предшественника (ум. в конце 1815 г.). На патриаршество в июне 1816 г. был поставлен священник из деревни Зук-Мкаель близ Бейрута Муса Каттан, принявший имя Игнатий V. Шувайрский Орден из-за разногласий земляческих группировок в 1826 г. разделился на две ветви – выходцев из Халеба (аль-Халабия) и уроженцев Ливана (аль-Баладия). Мелькитская католическая церковь в эти годы продолжала существовать открыто в Горном Ливане и на побережье и полуподпольно во внутренней Сирии.