Запреты контактов с латинскими монахами и богослужений в частных домах, периодически издававшиеся османскими султанами, на местах игнорировались коррумпированными пашами и кади. Последнюю попытку подавить униатские церковные структуры османские власти предприняли в 1818 г., когда Высокая Порта предписала всем униатам посещать церкви своих предков. Паша Халеба в апреле 1818 г. отправил в ссылку упорствовавших мелькитских священников. Халебские католики посчитали инициатором этих действий православного митрополита Герасима ат-Туркумана и попытались с ним расправиться. После подавления массовых беспорядков османские власти казнили 13 человек, впоследствии причисленных Мелькитской католической церковью к лику мучеников. Митрополит Герасим после двух покушений на его жизнь отказался от кафедры. Тогда же попытка православного Антиохийского патриарха Серафима привести к покорности мелькитов в Сайдском пашалыке натолкнулась на непреодолимое противодействие местного паши Абдаллаха. Он был фактически независим от Высокой Порты и покровительствовал католикам, которые заполнили весь бюрократический аппарат провинции. Мелькитские католические священники Дамаска, арестованные в 1819 г. и отправленные в ссылку в объезд Сайдского пашалыка, через Триполи, были освобождены правителем этого города по настоянию Абдаллах-паши и переправлены в его владения. С началом Греческого национально-освободительного восстания 1821–1829 гг. османские гонения обрушились уже на православное духовенство. Ввиду этого депутация халебских католиков ещё в апреле 1821 г. поторопилась заверить османские власти в своей лояльности и отмежеваться от православных. Положение униатов значительно улучшилось, они возобновили богослужения даже в Дамаске. В 1827 г. Амидская епархия Антиохийской православной церкви из-за притеснений властей приняла унию, надеясь на покровительство Франции. К концу 1820 гг. Высокая Порта перешла к политике широкой веротерпимости, и Мелькитская католическая церковь была фактически легализована. В конце XVII – начале XVIII вв. стала складываться особая культура мелькитов-католиков, ориентированная на римско-католическую духовную традицию. Исследователи находят характерным, что обращение мелькитов к гуманитарному наследию латинского Запада не сопровождалось интересом к достижениям Европы в области естественных и точных наук. Западные миссионеры и их арабские сотрудники выполнили большой объём переводов западноевропейской богословской литературы, которая вошла в обиход элитарных кругов мелькитской католической общины. Образовательный уровень мелькитов был одним из самых высоких среди этноконфессиональных групп Ближнего Востока благодаря опоре на созданную миссионерами систему просвещения. Первое поколение униатских иерархов и идеологов прошло через миссионерские школы Леванта, с начала XVIII в. лучшие ученики заканчивали образование в Италии.