В течение 12 лет Максим III Мазлум вёл тяжбу с православным Антиохийским патриархом Мефодием, касавшуюся священнических облачений. Униатские священники носили такие же одежды, как и православные, что во многом способствовало успеху униатской пропаганды. Патриарх Мефодий требовал замены цилиндрических камилавок униатского клира; после долгой борьбы, в которую были вовлечены российская и французская дипломатия, Высокая Порта в 1847/1848 г. предписала униатскому духовенству для отличия от православного носить восьмиугольные головные уборы. В 1848 г. патриарх Максим Мазлум освятил в Иерусалиме мелькитскую церковь Благовещения, а в 1849 г. провёл здесь архиерейский Собор (решения не были признаны Папским престолом и впоследствии аннулированы). Большой резонанс имела религиозная полемика Максима Мазлума с протестантом Михаилом Мшакой (1800–1888 гг.); их прения были изданы в Бейруте в 1849 г. под названием «Евангелический проповедник». Последние годы патриаршества Максима Мазлума были осложнены его конфликтом с Бейрутским митрополитом Агапием Риаши, из юрисдикции которого патриарх хотел вывести Джубайль. Ситуация была столь напряжённой, что Конгрегация пропаганды веры вызвала патриарха в Рим, но он долгое время уклонялся от приезда. В 1854–1855 гг. патриарх ещё раз посетил Египет, где и скончался. Несмотря на целый ряд трудностей, патриаршество Максима Мазлума считается плодотворным периодом в истории Мелькитской католической церкви: количество униатских епархий возросло с 8 до 13 (некоторые – титулярные), были построены 24 храма и три патриаршие резиденции (в Дамаске, Каире, Иерусалиме; начато строительство резиденции в Александрии). После восстановления в Сирии и Ливане прямого султанского правления (1840 г.) османы по настоянию великих держав сохранили все привилегии христианского населения. Вовлечение Османской империи в середине XIX в. в мировую капиталистическую систему привело к резкому росту благосостояния христианских торгово-промышленных кругов, связанных с европейским капиталом, и к разрушению традиционного мусульманского ремесла и торговли, не выдержавших конкуренции с западной промышленностью. Всё это способствовало обострению напряжённости между представителями двух религий, которая усугублялась тем, что Высокая Порта отменила все ограничения правового статуса христиан, в том числе ограничения отправления культа. Нарастающее этноконфессиональное противостояние привело к беспрецедентным по масштабам межобщинным столкновениям. В 1841 и 1845 гг. по Ливану прокатились две первые волны друзско-маронитского  конфликта, в который оказались вовлечёнными местные арабы-униаты. В 1850 г. в ходе мятежа в Халебе был разгромлен христианский квартал; всплеск антихристианских настроений был, не в последнюю очередь, спровоцирован мелькитским патриархом Максимом III, незадолго до того торжественно вступившим в город во главе процессии с иконами и хоругвями под колокольный звон и ружейные выстрелы; эта демонстративная пышность вызвала сильное раздражение в мусульманской среде. В 1860 г. разгорелся ещё более крупный конфликт между друзами и маронитами, в ходе которого мелькиты, выступившие на стороне маронитов, понесли тяжёлый урон. Был разорён монастырь Дайр-эль-Мухаллис, разрушен город Захле преимущественно с униатским населением, многие его жители погибли. В июле 1860 г. произошёл христианский погром в Дамаске (см. Дамасская резня).