В начале 1770 гг., когда османы терпели поражения в войне с Россией, а в Средиземноморье господствовал русский флот, униаты поддерживали сепаратистскую антиосманскую политику предводителя египетских мамлюков Али-бея (ум. в 1773 г.), правителя Северной Палестины шейха Дахира аль-Умара (ум. в 1775 г.) и ливанского эмира Юсуфа Шихаба (ум. в 1790 г.). Так, ведущее место среди советников Дахира занимал его управитель финансов униат Ибрахим ас-Саббаг, расставивший своих единоверцев на все посты в административном аппарате. После падения Дахира Ибрахим ас-Саббаг был удавлён османами. Новый политический гегемон Сирии и Палестины аккский паша Ахмад аль-Джаззар (1776–1804 гг.) сохранял лояльность к Высокой Порте, однако в кадровой политике не делал разницы между православными, католиками и иудеями, сталкивал их между собой, попеременно возвышал тех или иных администраторов, а потом конфисковывал их имущество и нередко казнил. Так, в управлении подвластным ему Бейрутом паша использовал соперничество православных и униатских торгово-предпринимательских кланов, возглавлявшихся соответственно шейхом Юнусом Никулой (ум. в 1789 г.) и Фарисом Дахханом (ум. в 1792 г.). Паша поочерёдно отдавал им на откуп бейрутскую таможню, а потом заключал в тюрьму и требовал выплаты огромных штрафов. Упразднение Ордена иезуитов (1773 г.) и начало Французской революции (1789 г.) привели к резкому ослаблению католических церковных структур на Ближнем Востоке. Последние десятилетия XVIII в. и начало XIX в. отмечены некоторой стабилизацией православно-униатских отношений. Межобщинные конфликты и захваты церквей случались, но уже не в таких масштабах, как раньше. Внутри униатской общины периодически возникали трения между конгрегациями и при избрании патриархов. После кончины Феодосия Даххана Афанасий Джаухар вновь взошёл на патриаршую кафедру (1788–1794 гг.) и на этот раз был признан Римом вопреки протестам Халебского митрополита Германа (Джирмануса) Адама и его сторонников. Современники отмечали ослабление монашеского религиозного усердия, особенно у шувайритов. Их история была наполнена внутренними столкновениями, которые нередко заканчивались тем, что проигравшие уходили из Ордена и оставляли монашество. Пытаясь вдохнуть новую жизнь в мелькитское монашеское движение, Бейрутский митрополит Игнатий Сарруф (на кафедре в 1778–1812 гг., впоследствии патриарх Игнатий IV) учредил василианскую конгрегацию в монастыре святого Симеона Столпника в Бискинте. Это привело к новым разделениям и конфликтам, и в 1804 г. Орден был упразднён решением Конгрегации пропаганды веры. В 1772 г. Римский папа Климент XIV (1769–1774 гг.) передал под управление мелькитского патриарха Антиохии всех мелькитов-униатов в пределах Иерусалимского и Александрийского патриархатов. По настоянию Конгрегации пропаганды веры патриарх Афанасий Джаухар провёл в 1790 г. Собор в монастыре Дайр-эль-Мухаллис, выработавший дисциплинарные установления Мелькитской католической церкви и определивший иерархию епархиальных престолов.