Иногда исследователи видят косвенную вину Кирилла Александрийского в том, что его противостояние с префектом создало напряжённую атмосферу в городе с неспокойным населением. Однако Сократ Схоластик называет инициатором конфликта не его, но Ореста, в то время как Кирилл Александрийский неоднократно искал мира с ним. Другое предположение, что Кирилл Александрийский намеренно не препятствовал убийству Ипатии, будучи объективно в нём заинтересован, и постарался придать его забвению взятками, исходит из заведомо негативной оценки Кирилла Александрийского и ни на чём не основано. Тем более не находит исторического и документального подтверждения версия, что он спровоцировал убийство Ипатии. Ни Сократ Схоластик, ни оппоненты Кирилла Александрийского на Эфесском Соборе не обвиняют его в этом преступлении. Описываемые Сократом Схоластиком события охватывают сравнительно небольшой отрезок времени (412–415 гг.), тогда как остальные годы жизни Кирилла Александрийского до несторианского спора прошли преимущественно в обычных епископских трудах. Существовала переписка между ним и Августином Блаженным по поводу ереси Пелагия, что исследователи видят в единственном сохранившемся послании Августина Блаженного Кириллу Александрийскому, датированного 417 г. Августин Блаженный благодарил Кирилла Александрийского за присланные ему акты Собора, состоявшегося в 415 г. в Палестине и оправдавшего Пелагия, и просил его внимательно отнестись к живущим на Востоке латинянам, которые могут легко впасть в пелагианство. Исследователи полагают, что в то время отношение к пелагианам у Кирилла Александрийского было снисходительным, поскольку некий западный епископ Евсевий в 418 г. в письме Кириллу Александрийскому отмечал, что тот принял в общение пелагиан, осуждённых и в Риме, и в Восточных церквах. В 418 г. по просьбе африканских епископов – участников Карфагенского Собора Кирилл Александрийский выслал им акты Никейского Собора и сообщил день ближайшей Пасхи. В отношении Иоанна Златоуста Кирилл Александрийский имел пристрастное суждение под влиянием своего дяди и Собора «при Дубе», будучи по неведению увлечён возведёнными на Иоанна Златоуста клеветами. Когда в 417 г. Аттик Константинопольский вписал имя Иоанна Златоуста в диптихи, он письменно обратился к Кириллу Александрийскому, увещая поступить так же. Кирилл Александрийский в ответ решительно возразил против внесения в диптихи того, кто лишён священства «собором епископов». В 418 или 419 г. он последовал предложению Аттика Константинопольского, по настоянию, как полагают исследователи, Рима. По рассказу Георгия Кедрина, который повторяет Никифор Каллист, Кирилл Александрийский был окончательно вразумлён явлением Богородицы в сопровождении сонма святых, в том числе Иоанна Златоуста. Устрашённый видением, Кирилл Александрийский раскаялся, совершил торжественное богослужение в память святого и вписал его имя в церковные книги. Иоанн Никиуский утверждал, что Кирилл Александрийский с радостью пошёл на это, потому что почитал Иоанна Златоуста великим учителем. Позднее он цитировал сочинения Иоанна Златоуста наравне с творениями других отцов, на что ему указывал и Несторий: «Я умалчиваю об Иоанне, которого ты почитаешь теперь даже против воли». Ежегодно, по обычаю Александрийских предстоятелей, Кирилл Александрийский писал «Пасхальные послания», в которых проявилась его ревность к исправлению нравов, искоренению заблуждений и назиданию паствы. К первой половине епископства Кирилла Александрийского исследователи относят большинство его сохранившихся творений (многие экзегетические и крупные триадологические трактаты).