Кирилл Александрийский был хорошо знаком с аристотелевской логикой, основой гуманитарного образования того времени («Категории» и «Топика» Аристотеля, «Введение к Категориям» Порфирия), и уверенно пользовался ею в богословских трактатах. Исследователи отмечают, что стиль и язык его сочинений указывают на превосходное владение риторикой. С. Уэссел утверждает, что победами на догматическом и церковно-политическом поприще Кирилл Александрийский был обязан мастерскому использованию тропов и фигур второй софистики. Основой формирования личности Кирилла Александрийского были Священное Писание и Священное Предание. Большой авторитет и значение для него имели творения Афанасия Великого. Кирилл Александрийский хорошо знал сочинения Оригена, Евсевия Кесарийского, представителей Александрийской школы (см. ст. Богословские школы древней церкви) в целом, а также труды каппадокийцев. Слова Кирилла Александрийского, сказанные на Эфесском Соборе: «...Мы с детства изучали Священное Писание и воспитаны под руководством православных и святых отцов», – свидетельствуют, что христианское учение он воспринимал не только из книг, но и от живых наставников, в частности, от архиепископа Феофила, который «должен был иметь очень сильное влияние на нравственное и умственное развитие племянника». Исследователи полагают, что в молодости Кирилл Александрийский посещал Александрийское огласительное училище, где мог лично общаться с Дидимом Слепцом (ум. около 398 г.), сочинения которого использовал в трактатах. Этим «руководством православных и святых отцов» могло быть и участие в богослужениях и посещение собраний, где церковные наставники толковали Священное Писание и таинства веры. Исследователи не исключают, что Кирилл Александрийский владел латинским языком – он был непосредственно знаком с толкованиями на Священное Писание Иеронима Стридонского, друга семьи. Кирилл Александрийский не мог не знать коптского язык – в то время коптский элемент становился преобладающим в Египетской церкви. Из коптов состояло большинство нитрийских иноков, среди которых Кирилл Александрийский несколько лет жил и на которых впоследствии опирался в церковной деятельности; на коптском говорил его сподвижник архимандрит Шенуте. На духовное формирование Кирилла Александрийского оказал влияние Исидор Пелусиот в качестве духовного наставника или родственника, свидетельством чему является свободный и властный тон адресованных Кириллу Александрийскому его писем (в одном из них он напоминает Кириллу Александрийскому, что тот считает его своим «отцом»). «История Александрийских патриархов» сообщает, что архиепископ Феофил отправил Кирилла Александрийского «в гору Нитрийскую, в пустыню святого Макария», где он провёл пять лет под руководством Серапиона Великого (Мудрого). Здесь Кирилл Александрийский выучил наизусть Священное Писание, чему способствовала его необыкновенная память. Нередко это свидетельство отвергают как позднее и отмеченное «житийным» характером. Однако пятилетнее пребывание Кирилла Александрийского в пустыне исследователи считают более чем вероятным.