Самосуд в отношении иудеев противоречил постановлениям императора. Самая многочисленная и влиятельная на Востоке александрийская иудейская диаспора играла ведущую роль в экономике региона; согласно Сократу Схоластику, Орест скорбел, что такой великий город неожиданно лишился множества жителей. Сначала префект, а потом и Кирилл Александрийский направили по этому случаю жалобы императору. Впрочем, по утверждению Иоанна Никиуского, были изгнаны только виновные в убийствах, а не вся иудейская община, да и Сократ Схоластик косвенно даёт понять, что даже видные иудеи оставались в Александрии и после этих событий. Кирилл Александрийский, побуждаемый александрийским народом, посылал к Оресту людей с предложением дружбы, но Орест отверг её. Следующим эпизодом, который привёл к ещё большему противостоянию Кирилла Александрийского и префекта, было вмешательство нитрийских монахов, которые «решили сражаться за Кирилла». В числе почти 500 человек они пришли в город и, остановив колесницу префекта на одной из улиц, поносили его оскорбительными словами. Один из них, по имени Аммоний, бросил в Ореста камень и разбил ему голову; телохранители префекта разбежались от страха. Подоспевшие жители Александрии обратили монахов в бегство, а инока Аммония «схватили и представили префекту, который, на основании законов, всенародно подверг его наказанию и дотоле мучил, пока тот не умер». Кирилл Александрийский объявил убитого страдальцем за веру и положил его тело в одной из церквей, чтобы его почитали как мученика. Но даже не все христиане одобрили такую ревность, «ибо знали, что Аммоний понёс наказание за своё безрассудство»; со временем Кирилл Александрийский «привёл это дело в забвение». Однако другое трагическое событие положило конец вражде Кирилла Александрийского с префектом. В марте 415 г., Великим постом, «в четвёртый год епископства Кирилла», произошло убийство Ипатии. Она «очень часто беседовала с Орестом», и «её обращение с ним подало повод к клевете, будто бы она не дозволяла Оресту войти в дружбу с Кириллом». Исследователи полагают, что её также считали вдохновительницей административных мер в пользу религиозной терпимости. «Посему люди с горячими головами под начальством некоего Петра однажды сговорились и подстерегли эту женщину. Когда она возвращалась откуда-то домой, они стащили её с носилок и привлекли к церкви, называемой Кесарион, потом, обнажив её, умертвили черепками», а тело отволокли в городской квартал Кинарон близ соборной площади и там сожгли. Это событие навлекло «немалый позор» на Кирилла Александрийского и на Александрийскую церковь. Такой поступок христиан неизбежно служил к обвинению всей церковной общины, не исключая её предстоятеля, но это не даёт исследователям никаких оснований видеть в Кирилле Александрийском виновника убийства. По прямому смыслу рассказа Сократа Схоластика таковым был некий лидер, возглавивший возбуждённую толпу. Иоанн Никиуский готов даже оправдать это злодеяние: Пётр и его сообщники убили язычницу Ипатию за то, что она посредством «волшебства» и «сатанинского искусства» отвращала многих от веры и подчинила своему влиянию Ореста; зачинщика расправы он называет «судейским служащим». Среди христианских писателей такое отношение к убитой, скорее, исключение.