Синесий Киренский, уже став епископом, продолжал с неизменным благоговением относиться к Ипатии, а в его письмах исследователи находят косвенное свидетельство того, что с Ипатией был дружен и архиепископ Феофил Александрийский. В корпусе писем Кирилла Александрийского сохранилось неподлинное письмо к нему Ипатии на латинском языке, в котором она высказывала желание стать христианкой, но упрекала Кирилла Александрийского за чрезмерную строгость к Несторию (что является очевидным анахронизмом); христианство Ипатии не подтверждается древними источниками. Церковные авторы высказывают уважение к Ипатии и сожалеют о её убийстве. Так, Димитрий Ростовский называл её «благоверной и добродетельной» и даже писал, что она «любве ради Христовы соблюдаше девство свое». В «Кодексе Феодосия» сохранились указы от 29 сентября и 5 октября 416 г. на имя префекта восточной претории Монаксия. Из них исследователи сделали вывод, что в Александрии произошли беспорядки, источником которых была коллегия параваланов (низшие церковные служители, занятые уходом за больными и погребением умерших). Для постоянного контроля над ними архиепископу предписывалось не покидать города, а их число сокращалось до 500 при обязательной регистрации у местного префекта. Если эти события были связаны с гибелью Ипатии, то, как полагают исследователи, Кирилла Александрийского во время убийства в городе не было, а его единственная вина заключалась в том, что он не сразу нашёл способы обуздать буйную паству, тогда как жители Александрии, по отзыву Сократа Схоластика и самого Кирилла Александрийского, были особенно склонны к волнениям и смутам. «Александрийская чернь любит возмущения больше всякой другой черни и, когда находит повод, устремляется к нестерпимым злодействам, ибо без крови не успокаивается от волнения». «Судьи вступают в этот город со страхом и трепетом, боясь суда народного, ибо в погрешающих судей не колеблясь бросают огонь и камни». 3 февраля 418 г. вышел новый указ, согласно которому число параваланов увеличивалось до 600 при восстановлении над ними полной юрисдикции Кирилла Александрийского – свидетельство того, что репутация Кирилла Александрийского перед имперским судом была полностью восстановлена. В совокупности эти указы являются подтверждением непричастности Кирилла Александрийского к убийству Ипатии, поскольку никакого обвинения в происшедших беспорядках лично ему не выдвигалось. В VI в. враждебный к христианству неоплатоник Дамаский в «Философской истории» обвинил в происшедшем Кирилла Александрийского, который будто бы позавидовал широкой популярности Ипатии и её влиянию на знатных граждан Александрии и подвиг толпу на убийство. С эпохи Просвещения, с ростом антиклерикальных настроений Кириллу Александрийскому неоднократно инкриминировали подстрекательство клира к этому злодейству. Ирландский философ Джон Толанд (1670–1722 гг.) использовал это убийство для написания антикатолического трактата «Ипатия». Эта наукообразная мистификация, укоренившаяся в литературе начиная с романа Чарльза Кингсли («Hypatia or New Foes with an Old Face». Лондон, 1853 г.), а затем воплотившаяся в кинематографе, не была поддержана серьёзными исследователями ни в ХIХ в., ни позднее. По замечанию Жана Мари де Дюрана, «мы не обязаны верить, что епископ вооружил убийц Ипатии».