Спаситель не даёт детального наставления о том, как именно надо совершать христианское крещение (в отличие от евхаристии, образец которой был дан на Тайной вечере). Вместе с тем в Евангелиях и особенно в «Книге Деяний святых апостолов» приводятся описания отдельных случаев совершения крещения. При этом общее число упоминаний о таинстве крещения невелико. О значении крещения говорится преимущественно с помощью метафор и образов. Основополагающим примером является уникальное событие Крещения Самого Господа, в котором соединились Иоанново крещение водой и таинственное помазание Святым Духом при теофании. Хотя повествования евангелистов различаются в некоторых деталях (прежде всего, при описании теофании; см. в ст. Иоанн Предтеча), все они согласны в том, что Господь был погружён Иоанном Крестителем в воды Иордана, а сошествие Святого Духа произошло после выхода Спасителя из воды. О предварительной подготовке или иных дополнительных обрядах покаяния ничего не говорится, за исключением упоминания молитвы Иисуса Христа после выхода из воды в Лк. 3:21. В диалоге между Иисусом и Иоанном Крестителем в Мф. 3:15 Крещение Господне предстаёт одним из этапов домостроительства спасения. Согласно Евангелию от Иоанна, смысл Крещения Господня заключался в том, чтобы Мессия был явлен Израилю (Ин. 1:31), что исключает его повторение. Тем не менее, в конце Евангелия от Матфея приводятся слова Спасителя, сказанные ученикам после воскресения: «…Идите, научите все народы, крестя их во имя Отца и Сына и Святаго Духа» (Мф. 28:19). Поскольку это единственное упоминание крещения в этом Евангелии, под «крещением» явно подразумевается тот обряд, который описан в рассказе о Крещении Господнем и который Господь освятил Своим участием в нём. Долгое время историческая достоверность данной заповеди ставилась под сомнение на основании текстологических вариантов, прежде всего, в сочинениях Евсевия Кесарийского. Аргументами против аутентичности и древности этих слов являются: 1) отсутствие свидетельств других евангелистов о столь значимой заповеди (за исключением не менее спорного с точки зрения текстологии окончания Мк. 16:16); 2) в большинстве ранних свидетельств христианское крещение совершается «во имя Иисуса», а не во имя Троицы (некоторые учёные видят в тринитарной формуле влияние более позднего богословия); 3) в ряде сочинений Евсевия Кесарийского слова Спасителя не содержат упоминаний о Троице и о крещении: «Идите, научите все народы во имя Моё». Хотя нет ни одной новозаветной рукописи с такой формой заповеди, а у самого Евсевия Кесарийского мог быть богословский мотив для искажения евангельского текста, многие учёные признают возможным существование такого варианта чтения, который Евсевий Кесарийский мог унаследовать от Оригена, собиравшего редкие рукописи Священного Писания. При краткой форме всё окончание Евангелия от Матфея получает поэтическую структуру. Чтение «во имя Моё» лучше согласуется с аналогичными выражениями в других местах Евангелия от Матфея.