Книжные шкафы в монастырях коптов не имеют аналогов – это заложенные снаружи оконные проёмы, в которые встраивались полки; иногда такие ниши снабжались дверцами. Поэтому термин, означающий книжный шкаф, в коптском языке дословно означает «окно книг». Если книжное собрание было невелико, кодексы складывали на скамью. Исследователям известен как минимум один переплёт VII в.  с цепью – особо ценные или пользовавшиеся спросом книги приковывали к полкам, чтобы их нельзя было унести. Против хищения книг были направлены и проклятия, записанные в колофоне рукописи. Проклятия были действенными ещё в XIX в.: Генрих Карл Бругш в Вади-Натрун не смог купить ни одной рукописи, в которой содержалась подобная анафема. Пергаментная рукопись из Вади-Натрун (по мнению исследователей, из Монастыря Сирийцев), переписанная между 700 и 900 гг. Коптский текст снабжён арабскими пояснениями. Чтобы избежать разрыва возле корешка, копты предохраняли книги от слишком сильного разгибания: тома́ нередко снабжались кожаным ремешком, соединяющим противоположные крышки переплёта. Ремешок натягивался, когда книгу раскрывали, и не давал ей разогнуться совсем. Пюпитры для чтения имели форму двух плоскостей, сходящихся под тупым углом, чтобы удерживать книгу в степени раскрытия, не опасной для корешка. Специфика книжной культуры Египта – в утаивании книг в пустыне ради их сохранения. Традиция возникла ещё в период гонений римских властей на христиан, а затем – христиан на язычников и еретиков; позднее монастыри подвергались нападениям пустынных племён или оказывались в опасности из-за войн. В подобных случаях владельцы стремились закопать книги, поэтому многие библиотеки раннесредневекового Египта хорошо сохранились. Чаще всего рукописи заворачивали в ткань и помещали в кувшин, как произошло с библиотекой Наг-Хаммади и собранием монаха Файбамона (пять кодексов). Манихейская библиотека была спрятана в деревянном сундуке, причём каждый кодекс был ещё зажат двумя досками. Так же сохранялись и библиотеки в заброшенных монастырях, например, у Эдфу. До создания алфавита грамотность среди египтян была очень низкой, что исследователи объясняют как закрытым характером интеллектуальной культуры, так и сложностью усвоения письменности. После создания коптского письма деятели коптской церкви настаивали на необходимости просвещения, а Пахомий Великий включил в свой монастырский устав требование к монахам уметь читать и писать. Оценить степень распространения грамотности среди коптов исследователям сложно. Официальным языком Египта до начала VIII в. был греческий, соответственно, он был престижным, а всё, что выходило за пределы греческой культуры, считалось неграмотностью («аграммата»). От римского периода остался документ – петиция девяти жрецов храма Кроноса (Петбе), из которых восьмеро относились к категории игуменов, а один был писцом-«грамматиком». Однако петиция была подписана только одним игуменом, поскольку остальные «не знают грамоты». Таким образом, образованные египтяне –  носители традиционной культуры (в том числе писец) – также считались неграмотными.