Наиболее тяжёлым для патриарха было требование ввести в состав высшего управления патриаршей церкви одиозного лидера обновленцев протоиерея Владимира Дмитриевича Красницкого – главу группировки «Живая Церковь», порвавшего с обновленческим синодом. Это планировалось сделать ради дискредитации патриарха и «разложения тихоновской церковной партии». 8 апреля 1924 г. комиссия постановила: «Принимая во внимание, что введение Красницкого к Тихону в Управление политически выгодно, поручить тов. Тучкову таковое осуществить, и, если одних словесных воздействий будет недостаточно, тактично применить другие меры, могущие оказать на Тихона и его приближённых епископов соответствующее воздействие». Также было решено временно отложить применение утверждённой Политбюро инструкции о регистрации православных религиозных общин. Е.А. Тучков поставил включение в церковное руководство В.Д. Красницкого в качестве главного условия легализации высшего и епархиального управления, обещая также в этом случае освобождение репрессированного епископата. Патриарх Тихон счёл возможным согласиться с этим требованием. 8 мая патриарх обратился к председателю СНК А.И. Рыкову с просьбой о легализации органов управления церкви, а также о возвращении высланных внесудебным порядком епархиальных архиереев. 21 мая в патриархии было подписано постановление об образовании нового расширенного Синода и Высшего Церковного Совета (ВЦС), в который вошли В.Д. Красницкий и другие деятели «Живой Церкви», согласные принести покаяние. 17 июня Комиссия по проведению отделения церкви от государства приняла постановление: «Ввиду примирения Тихона с «живой церковью» (Красницким)... признать возможным регистрацию временных тихоновских центральных церковных органов (синода и ВЦС) параллельно с Синодом обновленческим». 2 июля комиссия указала на опасность «явной поддержки обновленцев органами власти и ущемление тихоновцев». В связи с этим ОГПУ должно было дать директиву «о прекращении репрессий, применяемых в тактических целях к тихоновцам», а аппарат ВЦИК – соблюдать на местах баланс при распределении храмов между общинами обновленцев и «староцерковников». Это означало разрешение на регистрацию приходов патриаршей церкви, но с тем, чтобы их общее количество в данной местности не превышало значительно числа зарегистрированных общин обновленцев. Поскольку В.Д. Красницкий так и не принёс покаяния, 9 июля патриарх Тихон вынес резолюцию о признании акта об образовании Синода и ВЦС недействительным. Соответственно, органы управления патриаршей церковью не получили официальной регистрации. С весны 1924 г. происходило заметное снижение активности Комиссии по проведению отделения церкви от государства, её заседания проводились всё реже, прекратилась подача отчётов в Политбюро. Летом того же года комиссия собиралась лишь дважды. Осенью возникли разногласия между Е.М. Ярославским и его заместителем Н.Н. Поповым. 9 октября по просьбе уходящего в отпуск Е.М. Ярославского решением Политбюро Н.Н. Попов был замещён на своём посту П.Г. Смидовичем, однако, поскольку и тот находился в отпуске, обязанности председателя комиссии стал временно выполнять П.А. Красиков.