Причина, почему «пока ещё сохраняется в церкви иерархия», объяснялась тем, что «в руках власти остаётся могучее средство воздействия на церковную политику постольку, поскольку церковный центр занимает определённую политическую позицию». Инструкция НКЮ и НКВД «О порядке регистрации религиозных обществ» от 15 апреля 1923 г. (также датируется по времени опубликования 27 апреля 1923 г.) признавала за религиозными обществами одного культа право организовывать губернские и всероссийские съезды и избирать свои исполнительные органы. Однако для проведения съездов, согласно декрету ВЦИК от 12 июня 1922 г., требовалось получение разрешения от НКВД (фактически от Комиссии по проведению отделения церкви от государства), которое давалось лишь объединениям, считавшимся лояльными к советской власти. В качестве преемника Комиссии по антирелигиозной пропаганде Комиссия по проведению отделения церкви от государства курировала проведение по всей стране антирелигиозных общественных мероприятий, издание антирелигиозной и атеистической литературы. Для большей эффективности пропагандистской работы был взят курс на создание под партийным контролем «беспартийной общественной организации атеистов». Начало этому было положено изданием с конца 1922 г. Главполитпросветом газеты «Безбожник», которая впоследствии стала основой для создания «Союза безбожников» (см. «Союз воинствующих безбожников»). С января 1923 г. комиссия стала осуждать «нетактичности» и «перебарщивания» в массовых антирелигиозных акциях, которые проводились под руководством местных властей, в частности, при кощунственном «Комсомольском рождестве». В феврале того же года Комиссия по проведению отделения церкви от государства провела через Оргбюро ЦК прямой запрет местным парторганам устраивать «Комсомольскую пасху» в виде уличных карнавалов, объясняя это опасностью вызвать раздражение в крестьянских массах. Основное внимание рекомендовалось обратить на пропагандистскую работу, распространение антирелигиозной литературы, проведение соответствующих лекций, докладов, кинопросмотров, постановку пьес. Резко осуждался журнал «Безбожник» Московского горкома партии (исследователи просят не путать с одноимённой центральной газетой) за «головотяпские методы агитации» (например, призывы употреблять иконы на дрова и т.п.). В докладе Комиссии по проведению отделения церкви от государства Политбюро от 22 марта 1923 г. говорилось о целой волне чрезмерных антирелигиозных акций местных властей – массовом закрытии церквей, незаконном расторжении договоров о найме помещений религиозными организациями, обложении налогами в произвольном размере лиц духовного звания. Отмечалось, что комиссия «оказалась вынужденной по линии целого ряда ведомств принять меры к предотвращению эксцессов, вызывающих озлобление широких масс верующих, особенно в деревне». Подобная позиция курирующего конфессиональную сферу партийного органа предвещала серьёзные изменения во всей религиозной политике.