По настоянию Л.Д. Троцкого, принявшего непосредственное участие в организации новой комиссии, в её состав был включён заместитель заведующего Агитпропом Николай Николаевич Попов. Комиссия получала полномочия «как по ведению дел церковной политики (связь с церковными группами, с ВЦУ (обновленческим Высшим церковным управлением)) по руководству его в центре и на местах, так и по выработке директив по печатной и устной пропаганде и агитации». По решению Оргбюро ЦК с началом деятельности новой комиссии работа других комиссий по церковным делам прекращалась. 17 октября на первом заседании комиссии ей было присвоено название Комиссия по проведению отделения церкви от государства. Это название обычно употреблялось в документах самой комиссии, однако в документах других партийных и государственных органов она именовалась, как правило, Антирелигиозной комиссией, то же название обычно употребляется и в научной литературе. Комиссия по проведению отделения церкви от государства получила полномочия «единственной руководящей в делах церковной политики и антирелигиозной пропаганды». Временным председателем комиссии её члены избрали П.А. Красикова, единогласно предложив ввести в комиссию в качестве председателя Л.Д. Троцкого, что не получило поддержки со стороны партийного руководства (хотя впоследствии Владимир Ильич Ульянов (Ленин), вернувшись на короткое время к работе, выразил удивление по поводу отсутствия в Комиссия по проведению отделения церкви от государства Л.Д. Троцкого, «который несколько месяцев следил близко за течениями в церкви»). 19 октября постановлением Политбюро ЦК РКП(б) председателем комиссии был назначен Н.Н. Попов. Исследователи учитывают, что в её составе помимо официальных членов, утверждённых решением Политбюро, постоянно работали представители различных ведомств и организаций, такие как начальник Секретного отдела ГПУ Терентий Дмитриевич Дерибас, начальник шестого (антицерковного) отделения Секретного отдела ГПУ Евгений Александрович Тучков, главный редактор ряда периодических изданий Иван Петрович Флеровский, представитель Московского комитета партии Владимир Гордеевич Сорин. С конца ноября 1922 г. комиссия стала считаться состоящей при ЦК РКП(б), что давало ей исключительный статус организации, непосредственно подчинённой высшему органу власти в стране – Политбюро ЦК. Комиссия должна была еженедельно собираться на общие заседания и каждые две недели докладывать Политбюро о своей работе и текущей ситуации в религиозной сфере. О деятельности комиссии, которая была полностью секретной, запрещалось упоминать в открытом делопроизводстве. Решения официально оформлялись как постановления других ведомств и реализовывались, прежде всего, через структуры государственной безопасности (политического надзора). Комиссия по проведению отделения церкви от государства через ЦК разъяснила местным парторганизациям, что «органами, проводящими практически церковную политику на местах являются губотделы ГПУ». 18 января 1923 г. Оргбюро приняло решение назначить председателем комиссии Емельяна Михайловича Ярославского, прежний председатель Н.Н. Попов стал его заместителем.