Неэффективность работы Комиссии по проведению отделения церкви от государства обратила на себя внимание высшего партийного руководства, тем более что это совпало с обращением патриарха Тихона во ВЦИК с протестом по поводу вмешательства ОГПУ во внутрицерковные дела. 17 октября 1924 г. Оргбюро ЦК постановило: «Признать необходимым, чтобы антирелигиозная комиссия вела регулярную работу, предложив ей через 1 месяц сделать доклад о своей работе на заседании Оргбюро». Произошли изменения в составе Комиссии по проведению отделения церкви от государства. Новым заместителем председателя стал Константин Андреевич Попов; в состав комиссии были дополнительно включены представители Наркомпроса, ЦК РКСМ, ВЦСПС и Отдела работниц и крестьянок ЦК партии. Однако организационные меры не смогли исправить ситуацию. Снижение активности Комиссии по проведению отделения церкви от государства было связано с постепенной утратой ею основной функции – кураторства над органами государственной безопасности в религиозной сфере. Антицерковная деятельность ОГПУ, помимо комиссии, напрямую контролировалась узкой верхушкой партийного руководства и лично И.В. Джугашвили (Сталиным). После того как в ходе подготовки обновленческого второго «Поместного Собора» (состоялся в октябре 1925 г.) стало очевидно, что разрабатываемые Комиссией по проведению отделения церкви от государства планы по объединению обновленцев и канонической церкви не осуществились, была реализована подготовленная ОГПУ провокация против вступившего после кончины патриарха Тихона в права местоблюстителя митрополита Петра (Полянского), публично обвинённого обновленцами в связях с зарубежными монархистскими организациями. Комиссия поддержала разработанную в ОГПУ методику устранения митрополита Петра (Полянского) и передачу руководства церковью послушным диктату властей иерархам. 11 ноября 1925 г. комиссия приняла решение: «Поручить т. Тучкову ускорить проведение наметившегося раскола среди тихоновцев... В целях поддержки группы, стоящей в оппозиции к Петру (Местоблюстителю патриаршества), поместить в «Известиях» ряд статей, компрометирующих Петра, воспользовавшись для этого материалами недавно закончившегося обновленческого собора. ...Одновременно с опубликованием статей поручить ОГПУ начать против Петра следствие». ОГПУ реализовывало этот план самостоятельно, митрополит Пётр (Полянский) был помещён в тюрьму даже без уведомления Комиссии по проведению отделения церкви от государства, которой пришлось задним числом дать санкцию на уже произведённый арест. В дальнейшем комиссия ограничивалась общим одобрением действий органов государственной безопасности против заместителя патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии патриарх Московский и всея Руси), в частности, по организации григорианского раскола и выступления митрополита Агафангела (Преображенского), впоследствии же Комиссия по проведению отделения церкви от государства полностью передоверила ОГПУ ведение переговоров с митрополитом Сергием (Страгородским) по условиям легализации высшего церковного управления патриаршей церковью.