Также запрещались аресты «религиозного характера», если они не связывались с явными контрреволюционными действиями. Вместе с тем разъяснялось, что терпимое отношение к церкви и верующим «не должно ни в какой мере ослабить бдительность наших организаций в смысле тщательного наблюдения за тем, чтобы церковь и религиозные общества не обратили религию в орудие контрреволюции». Циркулярное письмо ЦК не остановило продолжавшееся массовое закрытие церквей, о чём писал через год И.В. Джугашвили (Сталину) председатель ВЦИК Михаил Иванович Калинин. В новых условиях «религиозного нэпа» (этот неофициальный термин Е.М. Ярославский привёл во время выступления на московском партхозактиве) было признано формальное право на существование наряду с обновленчеством и патриаршей церкви. 19 июня 1923 г. НКЮ и НКВД выпустили совместную инструкцию, в которой запрещалось «всем государственным установлениям путём административного вмешательства поддерживать какой-либо культ или какое-либо церковное управление в ущерб другим культам или религиозным группировкам». На деле государственные органы проводили прямо противоположную политику. Так, если обновленческие органы управления не имели препятствий с официальной регистрацией, то в отношении патриаршей церкви Комиссия по проведению отделения церкви от государства 17 июля того же года постановила: «Тихоновских епархиальных управлений пока допускать не следует, за исключением тех районов, где особо засели обновленцы». Поскольку освобождение патриарха Тихона вызвало резкое падение влияния обновленчества, комиссия занялась переустройством и укреплением обновленческой организации. 24 июля она постановила объединить существовавшие ранее отдельные обновленческие группы в одну структуру. Руководство обновленцами вместо прежних, окончательно дискредитировавших себя в глазах верующих «церковных революционеров», возглавил занимавший более умеренную позицию архиепископ Евдоким (Мещерский), переименовавший обновленческое ВЦУ в синод. В результате, как докладывалось в Политбюро: «Священный Синод выступил против тихоновцев единым фронтом и показал, что у обновленцев имеется уже достаточно серьёзная организация». Таким образом, поддержка обновленчества государственной властью не прекратилась, но больше не афишировалась. Когда обновленцы в своих декларациях стали открыто ссылаться на поддержку их советскими властными органами, Комиссия по проведению отделения церкви от государства сочла это недопустимым и поручила ГПУ пресекать подобные заявления. По отношению к патриаршей церкви Комиссия по проведению отделения церкви от государства перешла к политике сочетания прямых репрессий с более гибкими методами работы (ведение негласных переговоров с иерархами при использовании угроз, подкупа и обмана, провоцирование новых церковных разделений, агентурная деятельность). Предполагалось, что с помощью подобных методов можно навязывать патриаршей церкви нужные государственным властям решения, как это получалось с обновленцами. 18 сентября 1923 г. комиссия приняла постановление, в котором поручала органам ГПУ заставить патриарха ввести в церкви новый календарный стиль, второбрачие духовенства и организовать перевыборы приходских советов, очистив их от «черносотенного элемента».