25 января это решение было утверждено постановлением Политбюро. Поскольку раньше Н.Н. Попова поддерживал Л.Д. Троцкий, происшедшее изменение рассматривают как окончательный переход комиссии под контроль Секретариата ЦК и И.В. Джугашвили (Сталина). В дальнейшем куратором Комиссия по проведению отделения церкви от государства в Политбюро был один из влиятельных партийных лидеров – Лев Борисович Каменев (до 1926 г.). Комиссия по проведению отделения церкви от государства, в состав которой входили представители высших структур партийной и государственной власти, должна была играть главную роль при решении большинства вопросов в области религиозной политики Советского государства. Целью была борьба всеми доступными методами с религией, религиозностью и религиозными организациями, прежде всего, с РПЦ, как с самой крупной конфессией страны. Комиссия выделяла следующие основные направления своей деятельности: антирелигиозная агитация и пропаганда, борьба с церковной контрреволюцией (репрессии против православного духовенства и мирян), разложение православной церкви (провоцирование внутрицерковных расколов), работа с неправославными конфессиями, разработка религиозного законодательства. На протяжении существования политика Комиссии по проведению отделения церкви от государства претерпевала определённые тактические изменения, отражающие общие изменения партийного курса. В первый период, охватывавший осень 1922 г. – весну 1923 г., главными задачами считались «борьба с тихоновским реакционным духовенством» и укрепление обновленчества. Обновленческое ВЦУ, объявившее в мае 1922 г., после ареста патриарха Тихона, о переходе к нему высшей церковной власти, не сумело подчинить себе церковь. Несмотря на активную поддержку обновленцев со стороны государственных органов и массовые репрессии против архиереев и клириков, отказывавшихся признавать ВЦУ, большая часть приходов сохраняла верность каноническому священноначалию. Авторитет показавших свою антицерковную сущность обновленцев среди верующих стремительно падал, к тому же у обновленцев возникли внутренние разногласия и расколы. В этих условиях Комиссия по проведению отделения церкви от государства требовала выявлять среди духовенства (прежде всего, епископата) сторонников патриарха и применять против них репрессивные меры, причём давались конкретные указания на какой срок и в какие регионы ссылать архиереев, инструктировала местные власти по «очистке приходских советов от тихоновского элемента», координировала действия ГПУ и административные меры со стороны НКЮ против групп верующих, приём доносов от обновленцев, «устанавливающих контрреволюционную работу определённых лиц из состава тихоновского духовенства и реакционного мирянства на предмет применения к ним судебных и административных кар». Комиссия осуждала те местные органы, которые не демонстрировали должной жёсткости к «тихоновщине».