Некоторые историки считают, что в это время комиссия не занималась деятельностью православной церкви и сосредоточилась на делах других конфессий. Как исследователи видят из документов, значительную часть работы комиссии составляло согласование разрешений на те или иные мероприятия религиозных организаций, и, поскольку неправославные объединения тогда имели больше возможностей для легальной деятельности (проведение съездов и собраний, издательское дело, связи с заграницей), эти документы преобладают в материалах Комиссии по проведению отделения церкви от государства. Однако в конце 1920 гг. комиссия стала больше ограничивать активность всех конфессий. 13 апреля 1928 г. она признала необходимым сокращение количества религиозных съездов, чтобы «впредь как общее правило разрешать как всесоюзные, так и местного значения съезды, но не чаще одного раза в 3 года» (в 1930 гг. созывы съездов неправославных религиозных объединений прекратились). Важную роль Комиссия по проведению отделения церкви от государства играла в процессе разработки в 1927–1929 гг. нового религиозного законодательства, которое должно было существенно ограничить права всех конфессий. Итоговым документом стало постановление ВЦИК и СНК РСФСР «О религиозных объединениях» от 8 апреля 1929 г. Важнейшим уточнением, внесённым в проект постановления комиссией 2 марта того же года, была фраза о лишении религиозных обществ прав юридического лица, а также запрещение им заниматься какой-либо деятельностью, кроме «удовлетворения религиозных потребностей». Летом 1929 г. впервые за долгое время высшее партийное руководство проявило интерес к деятельности Комиссии по проведению отделения церкви от государства. 8 августа состоялся доклад её председателя Е.М. Ярославского на Политбюро ЦК ВКП(б). 24 августа Е.М. Ярославский представил Политбюро проект резолюции по работе в предыдущие годы: «Признать линию Антирелигиозной Комиссии в отношении проведения такой церковной политики, которая постепенно всё более и более суживает круг деятельности религиозных организаций, правильной». Однако резолюция Политбюро так и не была принята. 30 ноября 1929 г. Политбюро вернулось к рассмотрению вопроса и постановило: «Считать необходимым ликвидацию Антирелигиозной Комиссии ЦК, передав все дела антирелигиозной пропаганды в Секретариат ЦК». Причины упразднения Комиссии по проведению отделения церкви от государства связаны, прежде всего, с окончательным переходом к 1929 г. антицерковной работы органов государственной безопасности под непосредственный контроль И.В. Джугашвили (Сталина), который больше не нуждался в существовании для этого посредника в виде партийной комиссии. Что же касается административной деятельности по урегулированию взаимоотношений между органами государственной власти и религиозными организациями, то реализовывать эти функции целесообразнее было не секретной партийной комиссии, а официально действующей государственной организации. Таким новым органом по проведению церковной политики стала Комиссия по вопросам культов при Президиуме ВЦИК, в состав которой вошли многие бывшие члены Комиссии по проведению отделения церкви от государства.