Так, в январе 1923 г. она обвинила власти Петрограда в покровительстве «автокефалистам» (сторонникам патриарха Тихона, объявившим о своей церковной самостоятельности, чтобы не подчиняться обновленческому ВЦУ), и посчитала «вопиющей ненормальностью», что «церковная политика в Питере «ведётся не ГПУ» под контролем и руководством парторганизации, а отделом управления Петросовета» (исполком Петросовета возглавлял влиятельный партийный лидер Григорий Евсеевич Зиновьев (Радомысльский), благодаря чему петроградские городские власти пользовались некоторой свободой от контроля центральных органов партии). Для «выправления линии политики в церковных делах» в Петроград был послан Е.А. Тучков, по его рекомендации были даны санкции на арест и высылку Петергофского епископа Николая (Ярушевича; впоследствии митрополит) и других руководителей петроградских «автокефалистов». Наиболее важной задачей комиссии в это время была подготовка судебного процесса над патриархом Тихоном: определение главного направления следствия, желательных сроков завершения дела и проведения суда, формулировка основных пунктов обвинения, организация пропагандистского освещения процесса. Хотя «точные директивы суду о мере наказания» патриарха находились в компетенции особой комиссии Политбюро во главе с Алексеем Ивановичем Рыковым, Комиссия по проведению отделения церкви от государства обсуждала вопрос о возможном приговоре патриарху Тихону «с точки зрения церковной политики». 22 марта 1923 г. в докладе Политбюро комиссия высказалась против приведения в исполнение высшей меры наказания. Одновременно с подготовкой суда над патриархом активно велась работа по организации обновленческого «Поместного Собора», который должен был придать видимость законности обновленческим церковным структурам. К обновленчеству комиссия принципиально относилась с той же враждебностью, что и к канонической церкви, и допускала его поддержку исключительно в интересах антирелигиозной работы: «Борьбу и склоку, разгорающуюся внутри церкви, РКП должна использовать не для того, чтобы удалить ту или иную группировку, став на её сторону, а для того, чтобы... отрывать массы от всякой религии». В ноябре 1922 г. в отчёте Политбюро Комиссия по проведению отделения церкви от государства сообщала, что удалось приостановить борьбу групп обновленцев между собой для создания их общего фронта против «тихоновщины», а также обеспечить полную управляемость обновленческой организации: «За последнее время можно отметить беспрекословное исполнение со стороны ВЦУ всех директив надлежащих органов и усиление влияния на ее работу». Контроль над обновленцами обеспечивался, прежде всего, через их государственное финансирование. В частности, многочисленные обновленческие печатные издания, как сообщала Комиссия по проведению отделения церкви от государства, существовали «на наши средства». Поскольку среди обновленческих изданий возникла тенденция «вместо борьбы с церковной контрреволюцией заниматься мистикой и углублением религиозного учения», комиссия предлагала большинство из них ликвидировать, лишив субсидий, а оставшуюся часть «взять под строгую цензуру с целью регулировать их направление в соответствии с “церковной политикой”».