Ограничивалось проведение публичных диспутов с участием обновленцев, как «отвлекающих обновленческих попов от их прямой задачи – борьбы с тихоновщиной». В комиссии шла активная работа над конкретным содержанием будущих решений обновленческого «Собора» и спискам персонального состава высших обновленческих органов. Обновленческий «Поместный Собор» прошёл в марте 1923 г. под строгим контролем и управлением ГПУ, что обеспечило принятие самых острых мер против патриарха Тихона – объявление о лишении его духовного сана и монашеского звания. Разрабатывая юридические вопросы существования в Советском государстве религиозных организаций, комиссия первоначально исходила из перспективы превращения церкви в совокупность самостоятельных общин, без какой-либо централизующей структуры, видя в этом проведение в жизнь декрета «Об отделении церкви от государства» 1918 г. Такое толкование декрета нашло отражение в заключительной части приговора по Московскому процессу 8 марта 1922 г., в котором было заявлено о незаконности «существования организации, называемой православной иерархией». В соответствии с постановлением Комиссии по проведению отделения церкви от государства от 21 ноября того же года на религиозные общества не распространялось действие постановления ВЦИК и СНК РСФСР от 3 августа 1922 г. «О порядке учреждения и регистрации обществ и союзов, не преследующих цели извлечения прибыли». Таким образом, объединения верующих не получили того же статуса, что другие общественные организации. Комиссией был разработан проект положения о порядке регистрации религиозных обществ, в котором, как сообщалось в Политбюро, преднамеренно затруднялась организация таких обществ в масштабе всей страны. Существование органов церковного управления у обновленцев допускалось лишь как временная мера в тактических целях борьбы с «тихоновщиной». 16 февраля 1923 г. комиссия постановила: «Временно, до особого распоряжения (до выполнения главной работы по разложению церковной организации), отложить ликвидацию епархиальных управлений» (на тот момент, в основном, находились под контролем обновленцев). На обновленческом «Поместном Соборе», который по планам его организаторов должен был завершить процесс дезорганизации церкви, по директиве Комиссия по проведению отделения церкви от государства от 27 февраля того же года предполагалась ликвидация ВЦУ и епархиальных управлений. Запланированное упразднение обновленческой иерархии вызвало недовольство у членов ВЦУ, не поддержали её и члены комиссии Е.А. Тучков, П.А. Красиков, Н.Н. Попов. Вопрос был вынесен на рассмотрение Политбюро, принявшего 8 марта решение: «Признать необходимым дальнейшее существование ВЦУ». 22 марта Комиссия по проведению отделения церкви от государства докладывала в Политбюро: «После продолжительной работы комиссия наметила наконец порядок регистрации религиозных обществ, которые до сих пор не регистрировались, что порождало на месте массу недоразумений». Было решено считать допустимым регистрацию наряду с низовыми религиозными общинами и высшего органа церковного управления (у обновленцев) «при сохранении за ним принудительно-карательных прав по отношению к низшим церковным органам».