За это патриархии обещали разрешить издание церковного журнала. «Календарному вопросу» уделялось особое внимание, поскольку считалось, что введение нового стиля, принятого обновленцами, может дискредитировать патриарха в глазах верующих и вызвать новый раскол в церкви. 24 сентября совещание архиереев во главе с патриархом постановило осуществить переход церкви на новый стиль. Однако из-за сопротивления приходов вынужденно принятый указ на практике не выполнялся, и 8 ноября патриарх отложил введение нового стиля на неопределённое время. Неудача властей поставить каноническую церковь под свой контроль вызвала в середине ноября возврат к политике репрессий. Были арестованы многие представители духовенства, в том числе ближайший помощник патриарха Тихона архиепископ Иларион (Троицкий). 20 ноября Комиссия по проведению отделения церкви от государства поручила Е.А. Тучкову «провести через Тихона новый стиль и отменить введение старого». Угрозы не смогли сломить решимости патриарха отстаивать интересы церкви. 13 февраля 1924 г. комиссия приняла резолюцию настаивать на переходе РПЦ на новый стиль и возобновить следствие над патриархом. Это означало при отказе патриарха Тихона идти на соглашение с властями его новый арест и последующий суд. Однако 13 марта Политбюро по инициативе И.В. Джугашвили (Сталина) постановило прекратить следственное дело патриарха (оформлено решением ЦИК СССР 21 марта 1923 г.). Как один из способов борьбы с патриаршей церковью Комиссия по проведению отделения церкви от государства предполагала введение особого порядка регистрации православных религиозных общин, позволяющего местным властям регистрировать только те приходы, которые признавали обновленческое руководство. 1 ноября 1923 г. заместитель председателя комиссии Н.Н. Попов составил проект постановления Политбюро о «выработке инструкций на предмет регистрации религиозных обществ в духе, дающем «святейшему синоду» и губернским епархиальным управлениям (обновленческим) власть над церковно-приходскими советами». Политбюро согласилось на разработку документа «в духе доклада тов. Попова», но в дальнейшем утверждение инструкции на Политбюро неоднократно откладывалось по инициативе И.В. Джугашвили (Сталина). В результате во второй половине ноября того же года Н.Н. Попов обратился к И.В. Джугашвили (Сталину) с требованием незамедлительного утверждения инструкции: «Дальнейшая проволочка связана с катастрофическими последствиями для т. н. церковно-обновленческого движения и сведёт на нет всю работу антирелигиозной комиссии и ГПУ с осени прошлого года». Инструкция была утверждена Политбюро после долгих согласований с Л.Б. Каменевым только 26 февраля 1924 г., однако так и не вступила в силу, поскольку в этот момент Комиссия по проведению отделения церкви от государства вновь изменила тактику во взаимоотношениях с канонической церковью: было решено допустить легализацию Патриаршего управления при условии контроля над ним. В один день с резолюцией Политбюро, утвердившей инструкцию о регистрации православных общин, комиссия постановила: «Организацию Синода Тихону разрешить при условии, если он введет в Синод ряд лиц, хорошо ведомых ОГПУ».