На проходившем 17–25 апреля того же года двенадцатом съезде РКП(б) была утверждена резолюция «О постановке антирелигиозной агитации и пропаганды», в которой осуждались «нарочито грубые приёмы, издевательство над предметами веры и культа», поскольку они «не ускоряют, а затрудняют освобождение трудящихся масс от религиозных предрассудков». В антирелигиозной политике партии произошёл серьёзный тактический поворот в сторону смягчения позиции по отношению к церкви (вызванный как внешнеполитическими факторами, так и внутрипартийным противоборством в руководстве ЦК между группировками Л.Д. Троцкого и И.В. Сталина). Речь шла об отказе от чрезвычайных мер по немедленному искоренению религии и о переходе к более гибкой тактике, рассчитанной на достаточно длительное время. Подобный поворот отразился на судьбе патриарха Тихона в момент, когда подготовка суда над ним вступила уже в заключительную стадию. 21 апреля Политбюро приняло (по предложению Ф.Э. Дзержинского) решение о переносе суда над патриархом на более поздний срок, что означало явное нежелание партийного руководства выносить патриарху Тихону, как предполагалось ранее, тяжёлый обвинительный приговор. Комиссия по проведению отделения церкви от государства поддержала новый партийный курс и в отношении изменения методов массовой работы с верующими, и во взаимоотношениях со священноначалием патриаршей церкви. В мае комиссия выступила с осуждением массовой ликвидации храмов под административным нажимом, был выпущен циркуляр о приостановке закрытия церквей, о возвращении верующим по их просьбе закрытых храмов, остававшихся не используемыми местными властями. 11 июня 1923 г. Е.М. Ярославский предложил Политбюро продолжать следствие по делу патриарха Тихона «без ограничения срока», но не предавать его суду, а освободить на определённых условиях: публичное выражение лояльности к советской власти и разрыв со «всеми контрреволюционными организациями», признание справедливости обвинительного заключения и привлечения к суду, согласие на некоторые церковные реформы. Эти условия, утверждённые Политбюро, были частично приняты патриархом Тихоном. 16 июня он подписал заявление в Верховный суд РСФСР с просьбой об освобождении, признав правильность своего привлечения к суду. В заявлении в общих словах осуждалась «монархическая белогвардейская контрреволюция», о церковных реформах ничего не говорилось. 27 июня 1923 г. патриарх Тихон был освобождён. В июле того же года Комиссия по проведению отделения церкви от государства составила проект циркулярного письма ЦК в местные парторганизации «О перегибах в антирелигиозной агитации и практике», которое касалось, в основном, вопросов закрытия молитвенных зданий. 16 августа проект был утверждён Политбюро и разослан в сокращённом виде за подписью И.В. Джугашвили (Сталина) под заголовком «Об отношении к религиозным организациям». В нём осуждались нарушения, допущенные рядом местных органов. Делался вывод, что успех в деле разложения церкви зависит не от гонений на верующих, а от терпеливой и вдумчивой критики религиозных предрассудков. Запрещалась ликвидация церквей, молитвенных зданий и синагог решением собраний неверующего населения, а также по административным поводам – за неисполнение распоряжений о регистрации и за недоплату налогов.