Ситуация не изменилась и после официального прекращения 21 марта 1924 г. следственного дела против Тихона. Циркуляр НКЮ от 10 апреля того же года подтвердил запрет на поминание патриарха, поскольку прекращение его следственного дела «основано на праве частичной амнистии, а не на отсутствии состава преступления». С осени 1923 г. главную роль в Антирелигиозной комиссии играли уже представители органов государственной безопасности, прежде всего, Евгений Александрович Тучков, начальник шестого (антицерковного) отделения СО ОГПУ, исполнявший обязанности фактического секретаря комиссии. Постепенно ОГПУ стало действовать в церковной сфере самостоятельно, отчитываясь непосредственно перед Политбюро. Значение Антирелигиозной комиссии снизилось. Она занималась теперь, в основном, текущей работой по взаимодействию с религиозными организациями и общими вопросами антирелигиозной пропаганды. Меньше времени стал уделять работе в комиссии и П.А. Красиков. 21 марта 1924 г. он был назначен прокурором Верховного Суда СССР. В его обязанности входило осуществление контроля за соответствием принимаемых правовых актов Конституции СССР. Он участвовал в подготовке таких законодательных актов, как Положение о военных трибуналах и военной прокуратуре, Положения о Верховном Суде СССР и прокуратуре Верховного Суда СССР, Уголовный и Уголовно-процессуальный кодекс, Кодекс законов о браке, семье и опеке. В августе 1924 г. П.А. Красиков был освобождён от должности заведующего пятым отделом НКЮ в связи с его упразднением. Одновременно прекратилось издание журнала «Революция и церковь» под его редакцией. В апреле 1925 г. на съезде членов общества друзей журнала «Безбожник» П.А. Красиков был избран членом Центрального совета массовой общественной организации Союз безбожников (с 1929 г. – Союз воинствующих безбожников (СВБ)). С 1928 г. в связи с курсом на свертывание нэпа и переход к ускоренному строительству социализма в стране начинается новый этап антирелигиозной борьбы и наступления на церковь. В это время П.А. Красиков активно участвовал в работе над законопроектом, который должен был стать основой советского законодательства в религиозной сфере. Сам факт разработки документа, в котором говорилось хотя бы об ограниченных правах религиозных групп, встречал возражения у части советских руководителей. Так, например, нарком юстиции Николай Михайлович Янсон считал, что «издание такой инструкции политически нецелесообразно…, такая инструкция, изданная от имени Правительства, может произвести впечатление новой декларации прав религиозников и, несомненно, осложнит борьбу с ними». Тем не менее, после продолжительной работы 8 апреля 1929 г. ВЦИК и Совнарком РСФСР приняли постановление «О религиозных объединениях». Формально повторяя прежние декларации о свободе совести, документ чётко определил условия существования религиозных объединений, налагая на них жёсткие ограничения. Значительную часть постановления занял перечень запретов любой деятельности религиозной общины, помимо «удовлетворения религиозных потребностей» в стенах храма. Под полный запрет подпадало преподавание основ религиозных вероучений, кроме специальных богословских курсов (разрешение на открытие которых не давалось).