П.А. Красиков был одним из главных идеологов антирелигиозной борьбы в Советском государстве. По его предложению в принятую восьмым съездом РКП(б) партийную программу был включён раздел, согласно которому «коммунистическая партия не удовлетворяется декретированным уже отделением церкви от государства и школы от церкви», но берёт курс на «полное отмирание религиозных предрассудков». Юрисконсульт Московской патриархии профессор Николай Дмитриевич Кузнецов, которому в это время приходилось общаться с П.А. Красиковым, так охарактеризовал его взгляды: «Он человек, полный крайней вражды ко всякой религии, отвергающий всякое её значение и хорошее влияние на человеческую душу и потому по своим взглядам очень нетерпимый к религии». Уже на одном из первых заседаний Отдела по делам культов П.А. Красиков высказал мнение, что «крупные церкви (православная, католическая), безусловно, враждебны Советской власти. Это враги, с которыми нужно бороться, и потому никаких послаблений... допускать нельзя». В своей программной статье «Советская политика в религиозном вопросе», помещённой в журнале «Революция и церковь» (1919 г., №1), П.А. Красиков представил церковную организацию как часть старого государственного аппарата, «орудие управления и господства эксплуататорских классов над трудящимися классами». Соответственно основная задача советской власти в религиозной сфере – «разбить старую церковную государственную машину». В начале 1919 г. под руководством П.А. Красикова была впервые организована в общегосударственном масштабе антицерковная кампания по вскрытию мощей. Кампания проводилась якобы по инициативе местных властей и по «требованию трудящихся масс» и стала поводом для массовых гонений на верующих, пытавшихся сопротивляться кощунственным действиям, а также для закрытия монастырей и храмов. В восьмой отдел НКЮ поступало большое количество жалоб на нарушение прав верующих. Однако, как замечал профессор Н.Д. Кузнецов, во всех случаях Ликвидационный отдел «старается лишь оправдать действия местных властей по церковным вопросам», причём ответы верующим составлялись в таких грубых и оскорбительных выражениях, что, по словам Н.Д. Кузнецова, «лучше не доводить их до всеобщего сведения, чтобы не опечалить православных людей и не вызывать в них лишней вражды к советской власти». Когда в июне 1920 г. после обращения патриарха Тихона к В.И. Ульянову (Ленину) с просьбой о пересмотре решения о закрытии Троице-Сергиевой лавры и вывозе из неё мощей преподобного Сергия Радонежского ревизорская комиссия Рабоче-крестьянской инспекции (РКИ) пришла к выводу, что изъятие св. мощей является «мерой, не согласною с законом», П.А. Красиков потребовал провести в отношении руководителя комиссии РКИ П.Н. Мольвера строгое расследование. В сентябре того же года П.Н. Мольвер был арестован, а в феврале 1921 г. осуждён за «соучастие контрреволюционным настроениям церковников» и приговорён к пяти годам лагерей. В этот период П.А. Красиков проявил себя как сторонник самых жёстких мер, противник любых уступок по отношению к церкви.