Глава ВЧК Феликс Эдмундович Дзержинский занял двойственную позицию. Он высказался против новой церковной организации: «Моё мнение: церковь разваливается, этому нам надо помочь, но никоим образом не возрождать её в обновлённой форме... Наша ставка на коммунизм, а не на религию». В то же время Ф.Э. Дзержинский считал возможным действовать по подрыву церкви изнутри, но «лавировать может только ВЧК для единственной цели – разложение попов. Связь, какая бы то ни была, с попами других органов бросит на партию тень». Выступивший с более подробным разъяснением действий ВЧК на «церковном фронте» М.И. Лацис видел задачу в том, чтобы, «не способствуя никакому созданию советской церкви, внести разложение в православной церкви путём создания конкурирующих религиозных общин... Но за эту работу не должен браться ни Наркомпрос, ни Наркомюст». Глава Советского государства в тот момент не выразил своего мнения по данному вопросу. Однако, когда 18 мая 1921 г. состоялся пленум ЦК РКП(б), посвящённый, в основном, религиозной тематике, из проекта его постановления по инициативе В.И. Ульянова (Ленина) был исключён пункт с осуждением «попытки отдельных служителей культа создать новую организацию церкви, заключить союз церкви с Советским государством». 25 мая секретарь ЦК РКП(б) Емельян Михайлович Ярославский сообщил в «Правде» о том, что «ряд священников выступил против официальной церкви и пытается создать народную церковь, не проклинающую, а благословляющую Советскую власть». 16 июня П.А. Красиков возразил в «Правде» Е.М. Ярославскому: «Удастся ли духовенству создать живую церковь? Понятия церковь и жизнь взаимно противоречивы в настоящий исторический момент, если под церковью понимать определённую иерархическую организацию с неподвижными догматами, обрядами, правилами, волшебным культом. Всё это обречено умирать более или менее медленно. Наша обязанность – ускорить этот процесс». Некоторое время советское руководство прислушивалось к доводам П.А. Красикова, тем более что первые попытки ВЧК использовать для раскола Русской церкви различных маргинальных личностей (Владимира Путяту (Всеволода Владимировича Путяту) в Пензе, Сергея Михайловича Труфанова (в монашестве Илиодор) в Царицыне (ныне Волгоград)) не имели успеха. С лета 1921 г. П.А. Красиков был членом Комиссии по антирелигиозной пропаганде при Агитационно-пропагандистском отделе (Агитпроп) ЦК РКП(б). Во время дискуссии в партийном руководстве по поводу возможного сотрудничества с религиозными организациями в связи с массовым голодом в Поволжье и других регионах он выступал резко против участия церкви в помощи голодающим. Входил в состав «центральной тройки» по разработке постановления (декрета) ВЦИК «Об изъятии церковных ценностей для реализации на помощь голодающим». Декрет, опубликованный 23 февраля 1922 г., стал формальным началом масштабной кампании по изъятию церковных ценностей, которая имела целью разрушение православной церкви как организационной структуры. С марта по май 1922 г. по инициативе Льва Давидовича Троцкого П.А. Красиков входил в состав Московской и Центральной комиссий по изъятию церковных ценностей, одновременно был председателем Комиссии по антирелигиозной пропаганде при Агитпропе.