Подготовленная инструкция «О порядке регистрации религиозных обществ и выдачи разрешений на созыв съездов таковых», принятая совместным постановлением НКЮ и НКВД от 15 апреля 1923 г., усложняла по сравнению с инструкцией 1918 г. порядок регистрации религиозных организаций. В то же время у обществ одного культа появилось право созыва своих общероссийских и губернских съездов и выбора на них исполнительных органов. С весны 1923 г. партийно-государственное руководство постепенно склоняется к возможности предоставления основным религиозным объединениям страны (в том числе Патриаршей церкви) определённого статуса в обмен на декларацию о лояльности. Одним из первых значимых событий нового религиозного курса (председатель Антирелигиозной комиссии Е.М. Ярославский дал ему неофициальное название «религиозный нэп») стало освобождение 27 июня 1923 г. Тихона после выполнения им некоторых требований, предъявленных ему властями (признание правильности своего привлечения к суду и осуждение «контрреволюции»). Ещё до освобождения патриарха постановлением НКЮ и НКВД от 19 июня за подписью П.А. Красикова была принята «Инструкция по вопросам, связанным с проведением декрета об отделении церкви от государства». В «Инструкции...» декларировалась нейтральность органов власти ко всем религиозным объединениям: «Запрещается всем государственным установлениям путём административного вмешательства поддерживать какой-либо культ или какое-либо церковное управление в ущерб другим культам или религиозным группировкам». Вместе с тем «Инструкция...» подробно останавливалась на возможности лишения религиозной общины права на пользование храмом, в том числе «если обнаружится участие церковной группы в контрреволюционных выступлениях». В этом случае «договор с данною группою расторгается, храм передаётся другой, более благонадежной или исправной группе верующих». Таким образом, «Инструкция...» давала местным властям законное право при обвинении общины Патриаршей церкви в «контрреволюционности» передавать её храм обновленцам. Также «Инструкция...» содержала пункт о запрете сохранения монастырей даже в качестве «хозяйственных монастырских трудовых артелей». Отныне в ликвидируемых монастырях допускались лишь коллективные хозяйства, «порвавшие с религиозно-монастырским укладом жизни». Фактически власти не собирались соблюдать собственные правовые нормы о беспристрастном отношении ко всем религиозным объединениям. По прямому указанию Антирелигиозной комиссии на местах не регистрировались епархиальные органы Патриаршей церкви, тогда как обновленческие структуры не имели к этому препятствий. В августе 1923 г. в печати появилось подписанное П.А. Красиковым постановление о признании НКЮ обновленческого синода органом управления православной церковью, в то время как статус органов церковного управления при патриархе Тихоне оставался неопределённым. Даже поминание за богослужением имени патриарха, продолжавшего считаться находящимся под следствием, согласно циркуляру НКЮ за подписью П.А. Красикова от 8 декабря 1923 г., могло служить основанием для отобрания храма у верующих и возбуждения уголовного дела против священника.