П.А. Красиков состоял членом Антирелигиозной комиссии всё время её существования (1922–1929 гг.). В круг его обязанностей входили разработка законопроектов по религиозным вопросам, антирелигиозная пропаганда, а также международные контакты (участие в межгосударственных переговорах с Ватиканом, контроль зарубежных связей религиозных организаций). Осенью 1922 г. – весной 1923 г. он активно участвовал в проведении репрессий против духовенства, продолжавшего поддерживать патриарха Тихона. П.А. Красиков входил в состав подкомиссии по рассмотрению дел епископов и священников, намеченных для заключения в тюрьму или административные высылки в отдалённые регионы. Был одним из организаторов судебного процесса над патриархом Тихоном, где, как планировалось, должен был стать обвинителем. Первоначально в решении правовых вопросов П.А. Красиков исходил из прежней своей трактовки декрета «Об отделении церкви от государства...» 1918 г. как не предполагающего существования организационных структур религиозных организаций. Так, в ноябре 1922 г. при разработке положения о порядке регистрации религиозных общин упор был сделан на «целый ряд препон организации таких обществ во всероссийском масштабе». Однако вскоре Антирелигиозная комиссия стала отмечать, что «враждебное реформе духовенство, опираясь на возглавляемые реакционными элементами приходы, становится на путь провозглашения полной самостоятельности отдельных церковных общин. Под флагом этой самостоятельности скрывается тенденция отмежеваться от ВЦУ в ожидании восстановления законной церковной власти». Поскольку самостоятельность религиозных общин вступила в противоречие с заинтересованностью в поддержке обновленчества, П.А. Красиков пересмотрел свои взгляды на допустимость церковной иерархии. Принципиальное значение имело обсуждение вопроса о дальнейшем существовании высшего обновленческого органа. 27 февраля 1923 г. Антирелигиозная комиссия постановила, чтобы готовящийся властями обновленческий «Поместный Собор» «провёл полностью декрет об отделении церкви от государства (1918 г.) и тем самым ликвидировал бы Высшее церковное управление и его все местные органы». Это решение комиссии вызвало возражения у ГПУ, считавшего, что упразднение обновленческой иерархии осложнит борьбу со сторонниками патриарха Тихона. Такого же мнения придерживался теперь и П.А. Красиков. 8 марта, после его доклада на заседании Политбюро ЦК РКП(б), было признано необходимым сохранить ВЦУ. Политбюро предложило Антирелигиозной комиссии «принять меры к тому, чтобы при принятии собором декрета об отделении церкви от государства в достаточно эластичной форме были сохранены права ВЦУ». 22 марта комиссия докладывала в Политбюро о разработке нового порядка регистрации религиозных обществ, согласно которому регистрацию должно было получить и ВЦУ «при сохранении за ним принудительно-карательных прав по отношению к низшим церковным органам». Это противоречило предыдущим толкованиям декрета 1918 г., однако признавалось необходимым по политическим причинам: «Тем самым пока ещё сохраняется в церкви иерархия и в руках власти остаётся могучее средство воздействия на церковную политику постольку, поскольку церковный центр занимает определённую политическую позицию».