Характерной исследователи считают его реакцию на послание патриарха Тихона от 8 октября 1919 г., в котором святитель призвал православное духовенство отказаться от политических выступлений и подчиняться распоряжениям советских властей. Патриархия обратилась к советскому руководству с просьбой разрешить публикацию и распространение этого воззвания, чтобы снизить остроту противостояния между верующими и властями. П.А. Красиков выступил против публикации патриаршего послания, назвав его «минимальной капитуляцией», и призвал продолжать давление на церковь – «энергичную антирелигиозную агитацию, вскрытие мощей, разгон очагов реакции, монастырей». При такой «твёрдой и выдержанной политике с нашей стороны», – считал П.А. Красиков, – высшая церковная иерархия «должна пойти на полную капитуляцию или будет ниспровергнута». В декабре 1919 г., во время встречи с представителем православных общин Сергиева Посада профессором Иваном Васильевичем Поповым, П.А. Красиков заявил, что «через пять лет религия будет совсем истреблена и выдавлена из народной души», и не ответил на вопрос собеседника о возможности сохранения церкви при советской власти. При тесном сотрудничестве с ВЧК в проведении репрессий против духовенства у П.А. Красикова возникли определённые разногласия с руководителями органов государственной безопасности, которые пытались наряду с силовыми действиями переманить на свою сторону часть священнослужителей и вызвать раскол церкви. Полемика по этому вопросу принимала публичный характер. 2 декабря 1919 г. заведующий Секретным отделом (СО) ВЧК Мартын Иванович Лацис высказался в газете «Известия» за то, чтобы «поддерживать в духовенстве то течение, которое... идёт на поддержку Советского государства». 14 декабря П.А. Красиков резко возразил в «Известиях» против такого предложения, от которого, по его словам, «если бы покойники могли двигаться, то Карл Маркс, наверное, перевернулся бы в гробу». По мнению П.А. Красикова, «поддерживать или создавать новую организацию религиозного затмения сознания трудящихся было бы не только нелепо со стороны пролетарской власти, но было бы актом, противоречащим самым основным задачам пролетарской диктатуры». П.А. Красиков был принципиальным противником работы с «революционным» духовенством и в служебной переписке с ВЧК требовал не допускать «поощрение “советской церкви”». В ноябре 1920 г. В.И. Ульянов (Ленин) санкционировал письменный обмен мнениями руководителей ведомств, причастных к церковной политике, по вопросу о возможности использования в тактических целях «реформаторской» части духовенства для устранения от управления церковью патриарха Тихона. Если нарком просвещения Анатолий Васильевич Луначарский высказался за предоставление негласной поддержки «обновлённому православию с христианско-социалистической подкладкой», чтобы «опрокинуть Тихона», то П.А. Красиков выступил решительно против таких действий: «Тихона надо шельмовать в лоск, что мы и делаем, а не опрокидывать с помощью реформации... Способствовать созданию хотя бы бутафорской реформации считаю невыгодной для революции».