Исследователи полагают, что в это время П.А. Красиков пересмотрел свои взгляды на использование в политических целях представителей «революционного» духовенства. Отвечая за пропагандистское обеспечение проводимой под общим руководством Л.Д. Троцкого масштабной антицерковной кампании, П.А. Красиков не мог не принять выдвинутые им для продвижения в периодической печати тезисы о поддержке лояльных к советской власти групп духовенства и об осуществлении при помощи этих групп раскола церкви и разгрома церковной иерархии – «князей церкви». В это же время происходит сближение П.А. Красикова с сотрудниками преобразованного из ВЧК Государственного политического управления (ГПУ), непосредственно занятыми созданием подконтрольного властям псевдоцерковного обновленчества. П.А. Красиков стал одним из организаторов Московского процесса в апреле-мае 1922 г. над духовенством и мирянами, обвинёнными в сопротивлении изъятию церковных ценностей. 3 мая присутствовал на секретном совещании членов Президиума ГПУ по вопросу привлечения к суду патриарха Тихона, при этом П.А. Красикову было поручено развернуть против патриарха «самую бешеную агитацию, как устную, так и в печати». 5 мая П.А. Красиков участвовал в допросе вызванного в ГПУ патриарха Тихона, требуя «категорически отмежеваться от реакционного духовенства» и осудить церковным судом священнослужителей, противодействующих изъятию ценностей. В ответ патриарх указал на нарушение советским правительством предварительных договорённостей с церковью по поводу добровольной сдачи или выкупа ценностей. На следующий день патриарх был заключён под домашний арест, а вскоре при поддержке ГПУ было организовано обновленческое Высшее церковное управление (ВЦУ), объявившее о переходе к нему руководства церковью. 14 мая П.А. Красиков по поручению Л.Д. Троцкого участвовал в составе «специальной тройки» в определении окончательного списка приговорённых на Московском процессе к смерти и не подлежащих помилованию. В списке значились протоиереи священномученики Василий Соколов, Христофор Надеждин, Александр Заозёрский, иеромонах преподобномученик Макарий (Телегин) и мученик Сергий Тихомиров (список был утверждён без изменений Политбюро ЦК 18 мая). Был общественным обвинителем на Петроградском процессе в июне-июле 1922 г. над православным духовенством Петрограда, после завершения которого, как член «специальной четвёрки», определил окончательный список приговорённых к смертной казни: Петроградский и Ладожский митрополит священномученик Вениамин (Казанский), архимандрит преподобномученик Сергий (Шеин), мученики Юрий Новицкий и Иван Ковшаров. В ходе процесса 29 июня на судебном заседании П.А. Красиков заявил, что действия властей направлены не против религии, а против использующей религиозные предрассудки контрреволюционной организации: «Вы спрашиваете, где мы усматриваем преступную организацию, да ведь она пред вами. Эта организация – сама Православная Церковь, с её строго установленной иерархиeй, её принципом подчинения низших духовных лиц высшим и с её нескрываемыми контрреволюционными поползновениями». П.А. Красиков и раньше допускал истолкование декрета «Об отделении церкви от государства...» 1918 г. как не признающего каких-либо органов церковного управления (например, циркуляр НКЮ от 18 мая 1920 г.), но тогда это не имело значимых последствий.