В 1922 г. власти, ссылаясь на декрет 1918 г., стали рассматривать всю организационную структуру православной церкви как незаконную. Так, в заключительной части приговора по Московскому процессу от 5 мая 1922 г. говорилось, что трибунал «устанавливает незаконность существования организации, называемой православной иерархией». 6 мая 1922 г. в газете «Известия» появилось разъяснение: «По смыслу декрета об отделении церкви от государства существование «церковной иерархии», как таковой, невозможно. Декрет предусматривает существование отдельных, не объединённых между собой никакой административной властью, религиозных общин». Наконец, появилось разъяснение НКЮ от 25 августа 1922 г. с аналогичным заключением: «По духу советского законодательства каждая группа верующих – самодовлеющая церковь». Любое участие в органах высшего и епархиального церковного управления могло теперь рассматриваться как преступная деятельность, узурпация административных прав религиозных общин. 17 октября 1922 г. П.А. Красиков стал членом образованной при ЦК РКП(б) секретной Комиссии по проведению отделения церкви от государства (больше известна как Антирелигиозная комиссия) – «единственной руководящей [организации] в делах церковной политики и антирелигиозной агитации и пропаганды». Между тем встал вопрос о дальнейшем существовании Отдела по делам культов НКЮ. Причиной тому была его неспособность организовать на местах работу с религиозными объединениями. Территориальные подразделения пятого отдела (подотделы или комиссии по отделению церкви от государства губернских отделов юстиции) в большинстве регионов или не были созданы, или существовали только формально. Фактически административную работу с религиозными объединениями (прежде всего, их регистрацию) брали на себя местные органы НКВД, которые занимались учётом общественных объединений. В конце ноября 1922 г. Малый Совнарком (МСНК) принял решение об упразднении пятого отдела НКЮ как выполнившего свою задачу по отделению церкви от государства и неспособного охватить новый круг задач в религиозной сфере. Одновременно за упразднение Отдела по делам культов высказалась и коллегия НКЮ. П.А. Красиков немедленно сообщил об упразднении своего отдела на заседании Антирелигиозной комиссии. Комиссия «высказалась против такой ликвидации, крайне усложняющей и затрудняющей её работу, и постановила обжаловать постановление МСНК как по советской, так и по партийной линии». Решающее значение имело личное письмо, которое П.А. Красиков передал В.И. Ульянову (Ленину), работавшему в Совнаркоме последние дни перед обострением болезни. В начале декабря В.И. Ульянов (Ленин) потребовал пересмотреть вопрос. В тот же день решение о ликвидации Отдела по делам культов было отменено. Согласно новому положению о НКЮ, пятый отдел сохранился, но как консультативный орган по общему руководству религиозной политикой и по разработке законодательства в этой сфере. Поскольку территориальные подразделения НКЮ упразднялись, регистрация религиозных общин и контроль за их деятельностью переходили в ведение местных органов НКВД. На деле же, как разъяснялось ЦК РКП(б) местным парторганизациям, «органами, проводящими практическую церковную политику на местах, являются губотделы ГПУ».