После Февральской революции 1917 г. избран от партии большевиков членом исполкома Петроградского Совета рабочих и солдатских депутатов, Всероссийского центрального исполнительного комитета (ВЦИК) и гласным Петроградской городской думы. В октябре 1917 г. с приходом большевиков к власти стал редактором «Газеты Временного рабочего и крестьянского правительства» – первого советского государственного печатного органа. Был одним из двух сопредседателей Следственной комиссии по борьбе с контрреволюцией при Петроградском военно-революционном комитете (позднее при Петроградском Совете), которая руководила репрессиями против политических оппонентов новой власти до организации Всероссийской чрезвычайной комиссии (ВЧК). С декабря 1917 г. – член коллегии Народного комиссариата юстиции (НКЮ), с марта 1918 г. – заместитель наркома юстиции, одновременно был председателем Кассационного трибунала при ВЦИК, внёс существенный вклад в разработку советского уголовного и гражданского законодательства. Участвовал в подготовке декрета «Об отделения церкви от государства и школы от церкви» от 23 января 1918 г., который лишил религиозные организации всех юридических и имущественных прав. 8 мая 1918 г. назначен заведующим восьмым (с 1922 г. – пятым) отделом по проведению в жизнь декрета «Об отделении церкви от государства» НКЮ (неофициально также назывался Ликвидационный отдел или Отдел до делам культов) – государственного органа, ответственного за религиозную политику в стране. Задачами восьмого отдела были заявлены: «...Ликвидировать административно-управленческие иерархические церковные структуры, сросшиеся с государством..., расчистить общество от феодально-буржуазных ограничений свободы совести..., бороться с нарушениями законодательства о культах с обеих сторон, организуя и контролируя работу местных и других органов по осуществлению положений декрета о свободе совести и установлению государственно-церковных отношений на новой правовой базе..., помогать другим органам власти в пресечении контрреволюционной деятельности религиозных объединений». Под руководством П.А. Красикова была разработана принятая постановлением НКЮ от 24 августа 1918 г. инструкция «О порядке проведения в жизнь декрета “Об отделении церкви от государства и школы от церкви”», ещё больше ужесточившая требования к религиозным объединениям. Инструкция разъясняла порядок предоставления молитвенных зданий в пользование общинам верующих после заключения договора с местными органами власти. Всё небогослужебное церковное имущество подлежало изъятию. Закрывались все религиозные благотворительные и просветительские общества. 3 января 1919 г. по инициативе П.А. Красикова был принят циркуляр НКЮ, допускавший закрытие храмов при необходимости использования их зданий для общественных нужд и «если это мероприятие отвечает запросу трудящихся масс в форме многочисленных коллективных заявлений, резолюций, постановлений съездов и т.д.». П.А. Красиков был ответственным редактором журнала «Революция и церковь» (1919–1924 гг.), где регулярно публиковались его работы; часто выступал с антирелигиозными статьями в «Правде», «Известиях» и «Рабочей газете», состоял агитатором при Московском комитете РКП(б). В 1922 г. стал инициатором создания научного общества «Атеист» и организации одноимённого издательства и журнала.