Одновременно под контролем Антирелигиозной комиссии и с участием П.А. Красикова был принят ряд правовых актов различных ведомств, ущемлявших права служителей культа: они были лишены социальных пособий, им запрещалось быть членами профсоюза, участвовать в потребительской кооперации (в том числе быть членами колхозов), ограничивались их права на землепользование, с них взималась плата за обучение детей в школах. Было принято постановление о лишении избирательных прав не только священнослужителей, но и членов приходских советов. 30 ноября 1929 г. решением Политбюро Антирелигиозная комиссия была ликвидирована. Основной причиной этого, по мнению исследователей, стала необходимость разделения функций различных ведомств в религиозной политике. Негласная деятельность ОГПУ в церковной сфере контролировалась лично Иосифом Виссарионовичем Джугашвили (Сталиным), а для координации официальной административной работы государственных учреждений с религиозными организациями было целесообразнее использовать межведомственную комиссию при высшем органе представительной власти. 31 декабря того же года П.А. Красиков был включён в состав Комиссии по вопросам культов при Президиуме ВЦИК. Комиссия была создана одновременно с принятием постановления «О религиозных объединениях» от 8 апреля 1929 г., но до того времени фактически не функционировала. В задачи комиссии входили дальнейшая разработка религиозного законодательства и контроль за его исполнением. Фактически же целью её работы была поддержка административно-правовыми методами нового наступления на церковь, причём теперь основное воздействие оказывалось властями на низовые, массовые религиозные объединения – общины и приходы. «Расширение фронта антицерковной борьбы» происходило одновременно с проведением сплошной коллективизации. При этом широко практиковались раскулачивание сельского духовенства и массовое закрытие храмов. Комиссия по вопросам культов поддерживала курс на усиление давления на церковь. В январе 1930 г. комиссией были приняты постановления о ликвидации всех существующих ещё монастырей, о проведении кампании по запрещению колокольного звона и изъятию колоколов, о лишении священнослужителей права пользования землёй и об обложении их повышенными налогами. В феврале того же года комиссия приняла решение об упрощении процедуры закрытия храмов по требованию «трудящихся масс». Однако после появления 2 марта 1930 г. в «Правде» статьи И.В. Джугашвили (Сталина) с осуждением «перегибов», которые могли помешать проведению коллективизации, произошло временное ослабление антицерковной кампании. Одной из основных функций Комиссии по вопросам культов стало рассмотрение жалоб религиозных общин на решения местных властей по закрытию храмов. Хотя Комиссия ВЦИК лишь в меньшинстве рассмотренных случаев принимала решение о возвращении общинам отобранных у них церквей, она воспринималась едва ли не как единственный защитник религиозных прав советских граждан. В декабре 1930 г. к Комиссии по вопросам культов перешли от НКВД функции регистрации религиозных объединений на местах и надзора за их деятельностью. Начался процесс формирования территориальных подразделений по вопросам культов при местных администрациях, в чём активно участвовал П.А. Красиков, имевший опыт работы с территориальными органами Отдела по делам культов НКЮ.