Совещание признало состояние работы местных советов с религиозными общинами неудовлетворительным, прежде всего, из-за массового закрытия храмов с нарушениями законодательства о культах. Участники совещания выразили беспокойство по поводу резкого сокращения числа храмов и молелен, оставшиеся уже явно не могли удовлетворять религиозные потребности верующего населения. К тому времени в СССР сохранилось лишь около 28% культовых зданий от их количества на той же территории в дореволюционный период. Однако партийно-государственное руководство уже взяло курс на ликвидацию подавляющего большинства легально действующих религиозных общин. Так, из 14 тыс. зарегистрированных в 1936 г. приходов РПЦ в течение следующего года лишились регистрации и были закрыты по решению властей 8 тыс. приходов. Верующие смогли обжаловать в Комиссии по делам культов лишь незначительную часть постановлений местных властей о закрытии храмов. В 1937 г. комиссия рассмотрела 340 таких дел, и только по 87 храмам решения о закрытии были отменены. В мае 1937 г. заведующий отделом руководящих партийных органов ЦК ВКП(б) Георгий Максимилианович Маленков обратился к И.В. Джугашвили (Сталину) с предложением об отмене постановления ВЦИК и Совнаркома РСФСР «О религиозных объединениях» 1929 г., чтобы «покончить... с органами управления церковников, с церковной иерархией». Г.М. Маленкова поддержал глава НКВД Николай Иванович Ежов, также призвав к отмене постановления, которое «узаконивает формы организации церковного актива». Узнав об этих предложениях фактического запрета на религию в СССР (что противоречило только что принятой конституции), П.А. Красиков обратился в ЦК ВКП(б) с замечанием, что невозможность легальной религиозной деятельности будет способствовать её «уходу в подполье» и приведёт к дестабилизации ситуации в обществе. По мнению П.А. Красикова, в интересах Советского государства было не уничтожение законодательства о религиозных культах, а, напротив, его совершенствование. В августе 1937 г. П.А. Красиков представил в ЦИК и Совнарком СССР подготовленный им законопроект «Об отправлении религиозных культов и о молитвенных зданиях», который, однако, не был рассмотрен. И.В. Джугашвили (Сталин) не поддержал предложений об отмене действующего законодательства о культах, однако на деле в стране продолжалась политика уничтожения легальной церковной жизни. В течение 1938 г. лишилось официальной регистрации подавляющее большинство оставшихся храмов. Существование государственных органа, отвечавшего за взаимоотношение органов власти с религиозными организациями, в таких условиях становилось ненужным. В декабре 1937 г., согласно новой конституции, состоялись первые выборы в Верховный Совет СССР. ЦИК СССР прекратил существование. Встал вопрос и о судьбе работавших при нём учреждений. 16 апреля 1938 г. постановлением Верховного Совета СССР возглавляемая П.А. Красиковым Комиссия по вопросам культов была упразднена. 15 сентября того же года П.А. Красиков был освобождён от должности заместителя председателя Верховного Суда СССР. В следующем году он скоропостижно скончался во время курортного лечения в Железноводске. Похоронен там же.